体系审核的有效性是一个成熟的审核员追求的目标和审核机构实力的体现。ISO14001审核过程中，根据导则62及EA110的规定分第一阶段和第二阶段，两个阶段审核侧重点的准确把握是ISO14001审核的有效性的重要保证之一。两个阶段在ISO14001审核过程中体现不同的层次和不同的侧重点，一阶段审核是二阶段审核的基础，通过一阶段的审核明确二阶段审核的重点的方向；二阶段审核是在一阶段审核基础上对体系运行所作出的全面、系统的评价。通过一阶段的审核，指出体系在策划方面、体系的基础性工作方面以及控制对象方面存在的不足之处，推动受审核方把握环境管理体系实施不偏离重点，为体系有效运行提供准确方向，同时也为审核机构进行第二阶段审核提供可行的条件。
第一阶段审核是二阶段审核的基础，通过一阶段的审核明确二阶段审核的重点和方向；二阶段审核是在一阶段审核基础上对体系运行所作出的全面、系统的评价。通过一阶段的审核，指出体系在策划方面、体系的基础性工作方面以及控制对象方面存在的不足之处，推动受审核方把握环境管理体系实施不偏离重点，为体系有效运行提供准确方向，同时也为审核机构进行第二阶段审核提供可行的条件。
第一阶段审核侧重点的把握是审核实践过程中的难点，常见的不足之处有：一阶段审核不充分，该阶段发现的不符合却在第二阶段开出；或者一、二阶段重复审核某些要素，特别是4.2，4.3.1，4.3.2，4.5.4，4.6等要素，导致审核资源的浪费。笔者就第一阶段审核侧重点把握作以下一些粗浅的分析。
一、第一阶段审核的目的：
1、收集充分的信息，了解组织产品、活动、服务以及辅助设施包括动力（锅炉、发电机、空调、空压机等），能源（水、气、热、电等）的情况并通过对体系文件以及若干重点要素，特别是4.2环境方针、4.3.1环境因素、4.3.2法律法规、4.4.1组织机构和职责、4.5.4环境管理体系审核、4.6管理评审等要素的初步审核不等于粗浅的审核，了解现场也不等于走马观花"，而要体现第一阶段的侧重点。通过现场的巡视和某些要素的审核确定第二阶段审核的切入点和重点，为第二阶段审核作好基础性工作。
2、第一阶段的审核，侧重审核组织在环境管理体系策划方面的情况，以及体系文件的符合性，确定第二阶段审核的可行性和所必要的条件。
3、通过必要的现场审核，对组织的管理权限、活动领域和现场区域等各个方面加以明确，最后确认审核范围。由于环境问题的复杂性和不可分割性，审核范围的确认事关认证机构的质量风险。因此必须通过一阶段审核从以上三个方面准确界定审核范围。切勿将一些重污染工序作为相关方而将一些环境因素较为单纯、环境绩效比较良好的工序作为一个单独的组织"来申请认证。
二、第一阶段审核的内容
第一阶段审核包括文件审核和必要的现场审核。其内容分别为：
1、文件审核的内容：
a．确认环境管理体系文件符合ISO14001标准中的各项要求。
b．环境方针、重要环境因素、目标指标、管理方案和控制程序的一致性，确认体系的建立可以实现环境方针。
2、在一阶段现场审核过程中应把握以下内容：
a．体系建立的基本情况，通过审核初始环境评审的时间、手册、程序文件的发布时间，环境因素、清单等要素记录的形成时间，确认体系试运行已在三个月以上。运行时间对体系有效性的审核和审核和有效性是十分重要的，实施和保持远比建立环境管理体系难，坚持运行时间的要求也是保持体系健康发展的举措。
b．重点审核环境因素的识别与重要环境因素的评价程序及识别、评价过程的记录与结果。环境因素的识别是环境管理体系运行的一项基础性工作，重大环境因素的评价是环境管理体系运行的一项方向性工作。在环境因素充分识别的基础上，准确、适宜地评价出体系所要控制的重大环境因素是第一阶段审核有效性的体现。很难想象，一个污水还在严惩超标的组织回避污水排放这个重大环境因素，制定的目标指标、环境管理方案或运行控制程序，将节约用纸作为重大环境因素。这样的体系好比是一篇离题千里的命题作文。从体系角度而言，是避重就轻，是无效的。
c．法律法规的符合性及获取、识别程序的实施情况。
法律法规的获取和识别也是环境管理体系的基础性工作，因为法律法规是制定目标指标的首要因素，也是环境因素识别和重大环境因素评价的重要依据。一阶段审核必须对组织是否充分识别其环境因素相应的法律法规的条款和内容作出评价。对组织而言，比较薄弱的一块是未能充分收集组织污染排放执行的具体标准，即根据组织所在区域的地表水、大气、声环境功能区的要求，执行相应的污染物排放标准。这个排放标准应以地方有关行政部门的批文（如环境影响评价批文等）为准。
同时一阶段审核过程中，还应对组织法律法规的符合性作出评价。虽然ISO14000标准4.2要求组织承诺遵守法律法规，但结合中国国情，遵守法律法规是实施ISO14000的前提，主要污染物达标排放的最后期限应与"一控双达标"的时间，即2000年12月31日为限。根据EA-110的规定，"认证机构应要求组织出示经当地环境保护行政主管部门确认的组织遵守环境法律法规情况的证明"。实践证明，由地方监测部门对组织的污染物排放状况作出一个全面的监测，以技术数据的形式证明组织行为的守法性是可为广大组织所接受的，也是符合国际惯例的。
但因为监测结果尚需同组织所允许的排放标准相比来评判污染物的排放是否达标，因此环境影响评价的批复是十分必要的，或者由地方环保部门针对组织三废排入所应执行的标准作一批复也是可行的。
d．内审实施的可信度和充分性。通过一阶段对内审必要的记录如内审的年度计划、具体计划，首末次会议签到表，核查表及不?媳ǜ娴纳蠛耍?な底橹?哪谏蟪绦蚍?螴SO14001要求，并已付诸实施，具有可信度。通过一阶段的审核，发现组织存在的薄弱五一节，并将其作为第二阶段审核的重点和线索。确保内审通过二阶段的审核，达到充分的深度，促使组织内审真正发挥其自我诊断、自我纠偏的三级控机制之一的作用。
e．组织机构职责的充分性，确认符合组织的实际状况。特别是通过与最高管理者的交谈，了解组织机构、职责等人力资源保障的充分性。与环境管理者代表的交谈，了解其在体系实施过程中的核心地位。
f．管理评审已有效实施。一阶段审核除要关注组织管理评审的可信度外，还应审核其主要内容，了解组织管理层对环境管理体系的总体评价。通过一阶段对该要素的审核帮助审核组从宏观上把握体系是很有帮助的。对管理评审报告中认为的不足之处，应作为第二阶段审核的重点和切入点。
总之，第一阶段审核的是体系的总体策划情况，是体系基础性、方向性的审核。第二阶段审核的是体系的运行情况，只有策划有效、基础充分、方向无误的体系运行才有可能是有效的。两个阶段审核互相补充，不可替代，共同支撑保证审核的深度和有效性。因此，体系文件的符合性，环境因素识别的充分性，重大环境因素评价的适宜性，法律法规的符合性，法律法规相应内容识别的适宜性、组织机构的适宜性和充分性，重大环境因素控制条款的一致性，内审和管理评审的可信度和充分性等都是在一阶段审核的对象及评价的内容。把握以上内容审核，即把握住了第一阶段审核的侧重点，将为审核的有效性打下基础。
ISO14000标准和ISO9000标准关系
ISO9000质量体系认证标准与ISO14000环境管理体系标准对组织（公司、企业）的许多要求是通用的，两套标准可以结合在一起使用。
世界各国的许多企业或公司都通过了ISO9000族系列标准的认证，这些企业或公司可以把在通过ISO9000体系认证时所获得的经验运用到环境管理认证中去。
新版的ISO9000族标准更加体现了两套标准结合使用的原则，使ISO9000族标准与ISO14000系列标准联系更为紧密了。
ISO9000体系与ISO14000体系有相似之处，ISO9000体系的一些方面经过部分修改就可与ISO14000体系共用。
但是，ISO14000体系与ISO9000体系又有本质的不同，主要表现在识别环境因素、评价重要环境因素、制订环境目标、指标、方案和运行程序对重要环境因素进行控制、识别并获取适用本企业的环境法律法规并定期评价遵循情况。这些是ISO9000体系没有的，也是每一个企业都不可能通用的。
ISO14000系列标准特点
●全员参与
ISO14000系列标准的基本思路是引导建立起环境管理的自我约束机制，从最高领导到每个职工都以主动、自觉的精神处理好与改善环境绩效有关的活动，并进行持续改进。
●广泛的适用性
ISO14000系列标准，在许多方面借鉴了ISO9000族标准的成功经验。ISO14001标准适用于任何类型与规模的组织，并适用于各种地理、文化和社会条件，既可用于内部审核或对外的认证、注册，也可用于自我管理。
●灵活性
ISO14001标准除了要求组织对遵守环境法规、坚持污染预防和持续改进做出承诺外，再无硬性规定。标准仅提出建立体系，以实现方针、目标的框架要求，没有规定必须达到的环境绩效，而把建立绩效目标和指标的工作留给组织，既调动组织的积极性，又允许组织从实际出发量力而行。标准的这种灵活性中体现出合理性，使各种类型的组织都有可能通过实施这套标准达到改进环境绩效的目的。
●兼容性
在ISO14000系列标准的标准中，针对兼容问题有许多说明和规定，如ISO14000标准的引言中指出"本标准与ISO9000系列质量体系标准遵循共同的体系原则，组织可选取一个与ISO9000系列相符的现行管理体系，作为其环境管理体系的基础"。这些表明，对体系的兼容或一体化的考虑是ISO14000系列标准的突出特点，是TC207的重大决策，也是正确实施这一标准的关键问题。
●全过程预防
"预防为主"是贯穿ISO14000系列标准的主导思想。在环境管理体系框架要求中，最重要的环节便是制定环境方针，要求组织领导在方针中必须承诺污染预防，并且还要把该承诺在环境管理体系中加以具体化和落实，体系中的许多要素都有预防功能。
●持续改进原则
持续改进是ISO14000系列标准的灵魂。ISO14000系列标准总的目的是支持环境保护和污染预防，协调它们与社会需求和经济发展的关系。这个总目的是要通过各个组织实施这套标准才能实现。就每个组织来说，无论是污染预防还是环境绩效的改善，都不可能一经实施这个标准就能得到完满的解决。一个组织建立了自己的环境管理体系，并不能表明其环境绩效如何，只是表明这个组织决心通过实施这套标准，建立起能够不断改进的机制，通过坚持不懈地改进，实现自己的环境方针和承诺，最终达到改善环境绩效的目的。