1．审核方法和程序
虽然我们用的是国际通用的HACCP规则，但国际上并没有统一的审核办法和程序，结果导致审核强度和重点不同。HACCP计划的有效确认的验证重点也不同。
2．归档项目
就HACCP档案的格式、程度、结构和细节而言，不同的政府、进口国和买方所期望的结果也不同。为了迎合不同的要求，要在审核之前拟好HACCP报告有很大困难。
3．审核员的资历
HACCP审核是种新生事物，大多数食品审核员对卫生检验比较熟悉，而对比较陌生。但对食品安全控制是必需的。而且，通过对HACCP程序和质量管理系统的审核达到对食品安全的控制，这对审核员来说是非常困难的。
HACCP审核员是从食品检验员中选拔出来的，他们将接受专门训练并进行实习，否则对整个体系审核就会混为对法规、质量或卫生的审核。审核员必须清楚了解HACCP的基本原理和应用程序，这样他们就不用带着这些法规来判断危害和关键控制点。有经验的审核员一般会有一份事先准备好的、带有需要去审核的危害和关键控制点的HACCP计划。
4．临界值的有效确认
不管HACCP系统对食品安全检验的可信度是多么高，它还是依赖于对临界值的选择。临界值的有效确认是审核的重要环节。目前，我们的判断依赖于规定的标准、指南、科技文献、实验研究、权威专家，然而，这些材料仍存在局限性，并且各国规定的标准、指南都大不一样。所以，我们在临界值的有效确认方面需要更多的研究依据。
5．结果分析
采用了不同体系进行结果分析，如违规日期；关键、重要、主要；是否通过，是否有效等。还应该有一个判断HACCP计划是否有效的指南。
因上述问题，目前渔业局正在着手研究一套HACCP体系审核手册供检验员参考，以确保其审核符合审核的基本原则，并一致应用审核的基本原则。
确保政策标准和应用于审核的参考标准之间有一个合适的连接。
根据政策、指南，渔业局正研究审核程序和检查表的标准化问题以进一步完善HACCP审核，并力求和国际接轨。研究HACCP体系临界值的有效确认和企业内部审核的培训模式。