HACCP体系认证是指企业委托有资格的认证机构对本企业所建立和实施的HACCP管理体系进行认证的活动。该活动的审核方是获得国家认监委批准的并按有关规定取得国家认可机构资格的HACCP认证机构。从事该认证工作的人员应是获得食品相关专业学历，有食品工艺方面的实践经验，接受过HACCP培训并取得认证人员注册机构注册的专业评审人员。HACCP体系认证所取得的证书申认证机构颁发。官方验证与HACCP体系认证都由国家认可监督管理委员会负责统一监督管理和协调。
对一般食品生产企业，申请认证是企业的自愿行为，认证可以起到监督和认可食品企业建立和实施HACCP体系的作用，同时还能达到宣传和推广的目的，为强制性的官方验证打下基础，但国家规定的食品产品是强制性认证要求。以HACCP体系为基础的食品安全体系审核为第三方审核，由独立于企业，与企业无行政隶属及其他相关关系的认证组织进行。认证机构的审核为第三方审核。