环境管理体系审核程序按顺序大体上分为三个部分，即准备审核、实施审核、审核报告，此外一般还需一个跟踪复审的过程。
准备审核中需确定审核的范围、资源，对文件的预审，确定出组织的危险区域及有关环境因素的信息，将其纳入审核计划，审核组进行分工，将审核任务分配给每个审核员去完成，并在审核过程中形成工作文件。
实施审核时与受审核方举行正式的首次会议，介绍审核组成员，讨论审核范围、目的、计划，介绍审核方法，了解必要的信息等；此后开始收集证据满足审核目的的要求；记录审核发现；与受审核方进行末次会议时将审核发现提供给受审核方，使双方对发现达到公识。
审核报告阶段，按照审核报告内容及编写要求提交审核报告一份，按要求进行分发。
审核结束后，针对不符合项，委托方应准备行动计划，解决不符合事项，行动计划的实施通常被称作后续行动，它并不是审核的一部分。行动计划和后续行动的责任在于受审核方。