现有的审核程序标准及相关导则对审核员编制检查清单和采取的审核思路均无明确要求。但为显示审核过程的专业性、文件化和程序化程度，无论内、外审，一般都要求审核员应编制检查清单，但审核思路却仍未规定。现有的检查清单编制方法和审核思路有多种多样，它们或多或少各有利弊。检查清单无论如何只能是一个检查大纲，无论采取哪种方法和思路，审核员如不能将其与实施现场审核时的应变能力和良好的基本功相结合，必将对审核质量产生不良影响。下面介绍我们了解的几种情况及对应的利弊。
a)一些公司（特别是某些日本公司）要求其内审员把ISO14001标准“肢解”编制成非常详细的检查清单，甚至寄希望于这套清单像“计算器”一样可长年照搬使用。这种方式可保证对ISO14001标准“名义”上的全面要求的审核。但是，因为没有将重要环境因素这个EMS的核心载体加以有效利用，忽视了体系各要素间的逻辑关系，忽视了体系的动态特性，因此使审核过于机械，失去了必要的针对性，审核深度得不到保证。
b)在英国亦存在不同的方式。其中之一是UKAS认可审核专家DAVIDSHILLITO采用的方法，它紧密围绕重要环境因素按体系的运行模式展开审核。其基本思路是，先从受审组织环境因素中抽取一定比例的覆盖了最具行业特点或部门特点的重要环境因素和其它少量的环境因素→环境因素识别与评价（4.3.1）→目标、指标及其与方针和其他原则要求的一致性（4.3.3）→管理职责（4.4.1）→培训、意识与能力→管理行为准则（4.3.2）→改进方案（4.3.4）及运行控制方案（4.4.6/4.4.7）和相关方控制（4.4.6）→各运行参数（4.3.2/4.4.6b）→监测与测量、运行记录及行为结果分析（4.5.1）→记录管理、信息交流及文件控制（4.5.3/4.4.3/4.4.5）→内审及不符合整改（4.5.4/4.5.2）→管理评审（4.6）.这种审核方式以重要环境因素为载体对EMS各要素前后一致性和逻辑关系进行了深入的审核，是值得借鉴学习的。但是实际操作时，空间跳跃控制难度较大，对重要环境因素抽样不当也存在一定风险。
c)国内，一般地以部门为单元、以体系要素为载体实施审核。这种方式能保证审核的广度，但由于在不同重要环境因素间不断跳跃，使得对体系逻辑性、一致性方面和审核深度方面尚感关注不够或不显著。
d)本文重点介绍另一种方式。以部门为基本审核单元，先审核部门对全局承担的管理事项，再围绕重要环境因素按所谓“EMS逻辑主线”实施的审核。EMS逻辑主线是指，环境因素（重要环境因素）→目标指标→环境管理方案→运行控制（包括应急准备）→监测测量、内审、管理评审→不符合纠正预防；体系的其他要素围绕主线适时关联并展开审核。这种方式事实上是上述几种方法的综合。整体而言，由于它考虑了组织机构以部门为运行单位的管理特性，体现了以重要环境因素为载体的体系特征，充分顾及了各要素既相互关联又相对独立的要素特点，因此是值得推荐的。至于同样可能存在的“空间上跳跃”问题可通过必要和适度的跟踪审核予以弥补。以下举列说明：
通过文件预审和外审时第一阶段审核，审核员了解到某组织总务部有如下职责：环境因素识别、评价、统筹管理/培训管理/废弃物管理/生活污水管理，则现场审核前可准备的检查清单大纲是：
a)环境因素识别评价管理
b)培训管理
c)废弃物管理
d)生活污水管理
注意以上清单中并未完全对应EMS中的构成要素，每一检查事项的审核将可能涉及体系的许多要素。对于审核技能、经验和基础较差的审核员可在上述每一检查事项后面依据ISO14001标准和组织的EMS文件编出可能或应该涉及的体系要素检查项。
对“环境因素识别和评价管理”的审核，主要围绕4.3.1程序进行，它至少将涉及到：识别和评价的职责（4.4.1），人员资格和培训（4.4.2），识别评价方法(4.3.1)，有关记录管理（4.5.3），适用的法律和要求（4.3.2），有关重要环境因素信息更新（4.3.1/4.4.6/4.4.3）等。
对“废弃物管理”的审核，则按体系的主线进行：环境因素→废弃物管理目标指标（如有）→有关环境管理方案→日常管理和控制→危险废物贮、运、处置应急准备→目标指标实现情况及日常管理情况的分类、处理、计量、统计、行为分析→发现问题纠正及预防。围绕这条主线，每一环节可根据审核实际进程的需要将体系其他要素功能及履行情况引入并适度展开审核。
总体上说，这种审核方法是首先选定某一重要环境因素并确定其环境影响，审核时可检查：
a)该重要环境因素是否被识别评价出来？是如何被识别、评价的？
b)对此重要环境因素的管理方案、方法有无环境目标、指标？
c)此项管理职责是否明确、落实？相关人员是否接受了培训？
d)与此重要环境因素相关的运行控制程序是否文件化？并下发到相关岗位？运行记录情况？
e)是否对此重要因素进行了监测？监测结果如何？
f)内审对此重要获奖因素的审核结构如何？有无相关不符合项？如何纠正、预防？
g)管理评审对相关问题的评论及结论？
最终综合上述问题的审核发现，对体系做出总体评价。
如果是按部门审核，可按如下过程进行（同样适合18001），特别部门适当往里加要素（如管评，内审等）：
1，职责权限
2，环境因素、安全风险识别评价
3，法律法规和其他要求
4，目标指标
5，管理方案
6，培训意识和能力
7，运行控制
8，应急准备和响应
9，监视和测量
10，不符和纠正
11，文件的控制
12，记录的控制