1、柱压升高;
色谱柱入U滤片被流动相或样品中颗粒堵住。样品组分在滤片上沉淀堵住滤片。卸下入口接头的滤片，使用
1：1的硝酸溶液超声清洗5min，再用水、甲醇清洗除去水份。样品及流动相使用0．45µm滤膜除去微量杂质。使用流动相作溶剂配制样品。
2、新柱柱效低
柱外死体积大.样品在流动相中溶解不好，影响传质过程。更换连接管，重新连接色谱柱，降低死体积。使用合适的流动相或使用流动相溶解样品。
3、旧色谱柱柱效低，分离不好，柱入口床层塌陷。
填料被流动相溶蚀而流失。用同型填料填补柱效可部分恢复。对硅胶质填料，流动相PH值在2—7范围内，否则可能被溶蚀。
4、旧色谱柱柱效低分离不好，有时出现双峰。
入门填料被污染变质所致。用强溶剂冲洗。刮除被污染的床层，用同型的填料填补柱效可部分恢复。污染严重，则废弃或重新填装。
5、新柱接到仪器上后，柱头漏液。
柱接头与仪器之间连接管的压环变形量不够。用扳手顺时针方向拧紧1／4圈直到不漏液为止。
6、新柱接到仪器上后，启动仪器没有柱压降。
柱放置时间过长柱内充装的液体己挥发干。继续开泵，用流动相将柱内气体置换掉。
7、新柱接到仪器上后，检测器出口不断有小气泡出现。
①同上。②流动相脱气不彻底特别是MeOH／H20体系由于氢键作用很容易出现气泡。①同上。②配好流动相后一定要进行脱气处理。
8、新柱接到仪器上后柱压降不断增加，甚至超过仪器的耐压限。
柱入口滤片被固体颗粒堵塞(或被毒菌堵塞)。更换或清洗柱入口滤片；用0．45µm过滤膜过滤流动相除去微小颗粒物。
9、进样次数增加柱压降逐渐增加。
①样品中含有不溶于流动相的微小颗粒物。②样品在流动相中析出微小结晶。①用0．45µm过滤膜过滤样品。②推荐使用流动相溶解样品。
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10、使用—段时间后，柱效下降，分离不好。
①柱填料被流动相溶解而流失。②柱填料被样品杂质污染。①推荐使用予柱。如柱床层塌陷，用相同型号填料填补。②推荐使用保护柱或用强溶剂冲洗色谱柱除去污染杂质。
11、柱使用一段时间后，柱效下降出现双峰。
柱入口床层被污染使柱填料变质。用强溶剂冲洗除去杂质。
12、柱使用—段时间后，柱效下降，出现峰拖尾。
柱入口床层被污染。用强溶剂冲洗20-30ml，若效果不明显应废弃。
13、进样量增大与峰面积增加不成正比．即进样量与峰面积不是线性关系。
样品在流动相中的溶解度小，只有部分样品被流动相冲如色谱柱中而另一部分则沉积在柱人口端。①用流动相溶解样品。②样品的浓度不宜太大。④进样量不宜过大。
14、使用缓冲液作流动相时，柱压降升高很快。
霉菌生长所致。①在流动相中加入有毒物质或加叠氯化钠防止霉菌生长。②实验结束后先用纯水后用MeOH各冲洗20-30ml后关机。
15、用5µm颗粒填料柱时，以MeOH／H20作流动相柱压较高。
MeOH与水之间由于氢键作用黏度增大。可用乙腈／水体系使柱压降低，分离效率更好。
16、长时间放置的色谱柱，出现双峰。
柱床层出现干裂。柱放置时，最好使用相应的溶剂充填好，防止受大的机械震动，如床层干裂应废弃掉。
17、流动相洗涤强度由弱渐强时出现很多杂质峰。
强溶剂将弱溶剂洗不出的杂质冲出来。不影响柱的性能。
18、柱使用一段时间后保留值逐渐缩短。
柱中固定相流失所致。①更换色谱柱。②检查所用的色谱条件是否合适。
19、在UV色谱图中，靠近死时间处出现负峰。
①进样时压力波动所致。②样品溶剂比流动相的UV吸收值低。①采用阀进样。