文件的编号分为文件的识别编号（即文件代号）和文件的发放编号。识别编号反映该文件的种类、属性及版本，发放编号则反映该文件的发放对象，即所有权人（有时是部门），这两种编号都应是惟一的。有了识别编号，在提及该文件时，可以不必再叙述名称，而以识别编号代之。有了发放编号，就不必再在文件上标注使用人姓名，文件使用人变更（例如人员调离、退休）时也不需重新标注发放编号，而只需要在文件发放清单上做好使用人变更的记录和发放、回收的登记即可。
由于国家有关部门（或国际组织）在批准发布技术文件时，已给出文件的识别编号，实验室无需对外来技术文件重新给出识别编号。需要建立文件识别编号的，大多是实验室制定的文件。文件识别编号可用英文字母和阿拉伯数字的组合来表示，例如：XXXX/XX
XXX—XXXX。代号最前面是用英文缩写表示的机构代号，“/”后面的第一、二位用英文字母表示文件类型识别，不同的字母组合分别代表质量手册、程序文件、作业指导书（可细分为检测/校准实施细则、操作规程、测量不确定度评定书、期间核查办法、型式评价大纲等）、表格、质量计划、记录、网格文件等。“/”后面的第三、四、五位用阿拉伯数字表示文件序号，如该测量不确定度评定书是实验室的第8份测量不确定度评定书，则表示为“008”。“一”后面的四位阿拉伯数字表示文件批准的年份。