按审核主体分，实验室审核可分为三种类型：第一方审核、第二方审核和第三方审核。
第一方审核也称为内部审核，其输出是管理评审和纠正、预防措施输入，并用能够为实验室的自我合格声明提供保证。
第二方审核由与实验室利益相关的一方进行，如顾客，或由其他人以顾客的名义进行的审核。有些行业内部或行业管理部门对实验室实施的认可、达标考核，也属于第二方审核。
第三方审核则是由与实验室和顾客无关的独立方进行，例如ISO9000质量体系认证，其目的是为认证/注册提供充分的证据。第二方审核和第三方审核均属于外部审核。
需要指出的是，实验室认可的现场评审（assessment）既不同于审核（audit），也不属于GB/T19000《质量管理体系基础和术语》中的评审（review），它包括了对实验室管理能力和技术能力的评价，因此不是简单的第三方审核。