用纯水短时间内冲洗色谱柱，通常不会对色谱柱造成较大的损伤，但如果长时间用水冲洗色谱柱则可能引起固定相流失和相塌陷现象，所以若非必要请尽量避免用纯水冲洗色谱柱，建议在水中加入一定量的甲醇或乙腈进行冲洗，通常水的含量<90%不会对色谱柱造成任何影响。
原因分析：
首先，由于目前所用的色谱柱大多以硅胶为基质，硅胶的溶解特点是在纯水中的溶解度比在含有一定浓度有机溶剂的流动相中要大得多，所以长时间的用纯水冲洗会导致固定相的流失，引起柱效下降。
其次，对于常规的C18柱而言，由于C18长链与水是不互溶的，C18长链之间的相互作用力大于C18与水分子的作用力，长时间的用水冲洗，使得C18长链之间相互靠近，水流的冲刷，导致相互联结的C18长链倒伏在硅胶基质的表面，对疏水性物质的保留能力下降，即相塌陷。针对用纯水冲洗容易出现相塌陷的现象，有些厂家推出了纯水柱，这种纯水柱可以用纯水作流动相而不会产生相塌陷，这对只溶于纯水的样品的分析提供了一个很好的选择。