1．色谱柱的清洗
即使样品和流动相已做过前处理，也仍难以完成避免柱子受到污染，因此必须对柱子行清洗。清洗应定期进行，如果在短期内分析许多样品，则以每日清洗一次为宜，至少也应一周一次，防止有太多的杂质在柱上堆积。
反相柱的常规洗涤办法是：分别取甲醇、三氯甲烷、甲醇-水各20倍柱体积（既对于一根4.6mmX25cm的柱来说，通常是50-60ml，而对于9.4mm内经X50cm的柱来说，通常是500-600ml），使之通过柱子。然后用流动相平衡（通常仍用20倍柱体积），柱一般将恢复正常。如果选择性仍和以前不一样，则表明还有其他杂质留在柱子里，这时应考虑更加严格的清洗：先用20倍柱体积的水，再用相同体积0.05mol/L硫酸，最后用流动相溶剂。酸洗常能洗下有机溶剂所不能洗下的剩余杂质。在低pH值下做长期（一天或更长）清洗是不适宜的，但50ml洗液以2ml/min的速度清洗25min，一般对健合相没有损害。注意，强碱不能用来清洗任何微粒硅胶柱（不论是健合相还是非健合相），因为硅胶骨架会溶解。对于严重污染的反相柱，只能采用再生的方法。
2．柱头空隙的处理
拆下不锈钢烧结过滤器后，检查柱床，常可见柱头塌陷，此时先剔掉无规则床层和带色填料，使柱床呈白色并完全水平，再使甲醇作糊状填料匀浆液，将填料匀浆液滴在柱上靠重力从匀浆液中排出甲醇液，重复数次，直到水平，完成了柱的再生。此时，如果柱头孔隙深度小于1cm，可以采用下述局部重装的办法，否则，柱应当完全重装或更换。
柱入口局部重装时采用的填料可以和原填料一样，也可以用玻璃珠。粒径大于20um的可用敲打充填法干装。如果粒径小于20um则要用合适的溶剂配成匀浆，匀浆逐次加入，每次加入前都要使上一次加入的全部沉降。把孔隙填满后，用刮刀将填料刮平，更换柱入口接头，把柱重新接到液相仪器上，慢慢地增加流动相流速和系统压力，直到操作上限为止。让相当于10-20倍柱体积的流动相通过柱子，然后逐渐降低流速，并使压力降为零，再把柱子卸下来，并卸下入口接头，观察柱的入口。此时孔隙应当减小，但是由于新加入的填料在系统的操作压力下压入柱头，孔隙不可能一次就被全部充满。重复上述重装过程，直到柱上加不进更多的填料为止。一旦柱子填充完毕，可加进混合样品，测定柱子的性能是否已经改善。
3．色谱柱的再生
色谱柱使用一段时间后，柱效将会下降，必须进行再生处理。再生处理包括活化（自右向左）和净化（自左向右）两种。
◆硅胶、氧化铝和极性（正相）键合相色谱柱可以采用以下程序再生：
三甲基戊烷乙烷一三氯乙烷一乙酸乙酯一丙酮一乙醇一水采用上述溶剂依次以1ml/min的流速通过色谱柱，洗脱量约20ml。然后反方向重复上述过程。
◆反相色谱柱常用甲醇一水作流动相，有时还可能含有控制pH值的盐、酸或离子型溶剂。对硅胶或以硅胶为基质的键合（或离子交换）填料，为避免硅胶溶解，pH值不应超过8.5。再生时将25ml甲醇：水（1：1）混合液依次通过色谱柱淋洗，然后用所有的流动相平衡。
◆离子交换色谱柱的再生方法有两种：
（1）先用25ml蒸馏水通过柱子以除去缓冲盐类，再用25ml甲醇冲洗，以除去由于分配效应而残存在骨架中的杂质，再用25ml蒸馏水除去不溶于甲醇的残存盐类，最后用缓冲液平衡。
（2）先用0.1mol/L的柠檬酸洗涤，然后用水洗涤（不要用碱性溶液，以防硅胶基质溶解），最后用缓冲液平衡。