色谱联用仪使用时主要注重两个方面：1、定性；2、灵敏度。下面就介绍下定性和灵敏度的作用。
(1)定性
谈到色质联用仪在定性方面的作用，就要先谈一下从色谱理论的逻辑缺陷。色谱定性和色谱定量都涉及到一个基本逻辑：“在两个流程的绝大多数因素都完全一致，则唯一不相同的那一个因素，最终导致了结果的不同”。色谱定量是依据这个逻辑(在各个条件都一致时，决定峰面积不同的唯一因素就是浓度的不同)，色谱定性也是这样(在各个条件都一致时，决定保留时间不同的唯一因素就是组分的不同)。
色谱定性最重要的依据就是色谱峰的保留时间(在绝大多数情况，这甚至是唯一的依据)。我们在定性时的色谱理论就是：“组分峰与标准峰保留时间相同，则判断该组分=标准物质”。注意，我们使用的是“相同”，而上面逻辑中的重点却是“不同”。要使这样的色谱理论合乎逻辑，必须加上至少一个限定：过程中的每个因素都能对结果产生特异性的作用。对于色谱来说，就是“在定性时，每种不同的组份必须对应不同的保留时间”。然而，大量的实验结果告诉我们，不同的组份，往往会有相同或极为相近的保留时间。
以上就是我们常说的“色谱定性可靠度不高”的由来，在色谱实验中，不同的保留时间对应不同的组份是成立的，但是反过来，相同的保留时间意味着相同的组份却是靠不住的。所以在实验中，排除是相当有信心的，而确认则在相当程度上是“靠天吃饭”，有一部分是凭撞大运。
人们很早就意识到了这一点，也在想办法提高定性的准确性，所以有了加标确定法，双柱法，二极管阵列检测器等的运用，在这几种方法中，加标确认法在概念上就不正确，双柱法也近于隔靴搔痒，二极管阵列法能起有些作用，可惜特异性不高，也容易造成冤案。在色谱中引入质谱技术法后，大大增强了定性的可靠性。质谱法针对的是分子结构，信息特征且丰富，甚至在一定程度上可以摆脱标准物质的限制。
(2)灵敏度
通用型检测器(如FID和TCD)一般灵敏度有限，特异性检测器灵敏度较好但是检测范围有较大限制，而质谱检测器是一种既通用灵敏度又高的检测器。灵敏度取决于信号与背景，我们通常理解的增加灵敏度需要通过尽量提高待测物的信号值，作为一种通用型检测器，质谱仪的信号方面没有特别过人之处;但是它的长处却在于它能大大的降低检测背景从而数量级地提高检测灵敏度。检测背景，是检测器对样品基础成分响应的反应，作为通用检测器，产生响应在因素很多，所以背景会比较高，灵敏度受到限制;而质谱检测器通过对限定结构信息的检测，可以过滤掉大多数不需要的背景信息，例如气质联用的SIM方式和液质联用的MRM方式。