1.样品的装载和平衡
由于离心时产生很大的离心力。当转子所带的样品不平衡时会产生很大的力矩，轻者引起机器发抖和震动，重者会扭断转轴造成事故。因此离心样品的平衡装载是特别要注意的问题。离心转速越高，对平衡的要求也越高，除了小型离心机转轴较软有一定调节能力而允许目测平衡外，所有离心机均要求用天平平衡样品。离心管至少要两两对称平衡，或者三个一批对称平衡，最好是一样重。水平转子不要空转。在平衡时不仅要保证对称的两管样品等重，还要保证二者密度和体积相当。因为离心时产生的力矩不仅与样品的重量有关，还和样品的旋转半径有关。例如一管水和半管砂子虽然重量相等，但半管砂子的旋转半径要大一些，所以力矩相差很大，转动起来并不平衡。所以处于对称位置的两个离心管必须装载密度相近的样品。例如要同时离心两个样品，一管是用蒸馏水稀释的，另一管是用60%的蔗糖配制的。虽然两管重量相等，但不可配成一对离心，而必须另装一管水和一管60%的蔗糖作为平衡物分别配重，否则不能正常运转。
2.离心管的选择
应该参照离心管的说明和材料，防止不适当的使用导致破裂，不但损失样品还会污染转子和离心机。在超速离心时为了减小阻力，都是在真空状态下运行。所以除了不锈钢和厚壁聚碳酸脂（PC）离心管外，样品必须装满，否则离心管会因真空而变形或破裂。常规的高速或者低速离心则不要装满，所有带盖的转子、水平吊篮、试管盖都要盖紧，防止样品外泄而失去平衡。使用角转子时必需盖转头盖，否则离心腔内会产生很大的涡流阻力和摩擦升温，这等于给离心机的电机和制冷机增加了额外负担，影响离心机的使用寿命。