1.忽视准焦螺旋的使用
有的学生在使用高倍物镜时，仍然调节粗准焦螺旋，其结果往往把物镜损坏、装片压烂。
2.认为倍数越大，越清晰
如果目镜倍数过大，得到的放大虚像则很不清晰。因此，给学生讲明，在低倍镜下能看清楚的物像，不必用高倍镜观察。
3.忽视显微镜的保养
显微镜是精密的放大仪器，要教育学生爱护显微镜。轻拿轻放，不能用手或布去擦试镜头，使用倾斜关节时，倾斜角度不能太大。实验完毕，盖上镜头盖，移去载物台上的玻片，转动转换器，使两个物镜分开至两旁，降下镜筒，装入镜箱内。
4.显微镜安放位置不当，有碍操作显微镜安放不是靠前就是靠后，或位置靠右，甚至把镜筒向着自己。显微镜应安放在离桌边缘5cm、镜筒向前，并讲清显微镜位置稍靠左侧的道理（两眼同时睁开观察，眼不易疲劳，便于绘图。）
5.对光顾此失彼
对光时往往忘记了反光镜的正确使用，不能根据光线的强弱来选择平面镜或凹面镜；用高倍镜进行对光，不把低倍镜位置放低；在转动转换器时，物镜没有到位，光圈也没有调节好，视野光线不均匀、明亮。
6.不能迅速找到要观察的物像
没有按简明、合理的程序操作。先使用视野宽的低倍镜，把要观察的材料放通光孔中央，放下镜筒使物镜下端与装片的距离约1cm，沿逆时针方向徐徐调节粗准焦螺旋，同时左眼注视视野，直到看清物像。如果第一次标本未进入视野，那么要重新操作，在调节粗准焦螺旋的同时，移动装片，直到看见物像为止。在具体操作时，也可以装片表面杂质或气泡为参照物，当杂质出现时，表明物距基本调好，再移动装片，即可找到所要观察的物像。
7.高倍物镜的使用方法不正确
由于高倍物镜的工作距离小，有的学生害怕把镜头损坏，一旦用高倍物镜时就把镜筒升上来，结果在低倍镜下观察到的物像换成高倍镜后就再也找不到了。因此，在教学时要向学生反复强调用高倍物镜前先换上高倍的目镜，再直接换上高倍物镜，并且把光圈开大。