1开机与关机
不论是气质联用仪还是液质联用仪，在开机方面，都强调机械泵开启后，一级真空到达一定程度方可启动分子涡轮泵。在关机时，一定要等离子源的温度降下来为止，再停分子涡轮泵，待其转速降低至近乎全停时才能关机械泵。
一般的气质联用仪都有固定的开关机程序，由工作站操作控制开关机过程原则是有些液质联用仪则需要手工操作，这时要特别小心。
2干净的问题
气质联用仪对于样品的试剂的干净程度与普通气相实验没什么区别，只要能上ECD的样品，气质就肯定没问题。
最要注意“干净”的是液质联用仪，主要表现在(1)流动相要干净。国产的试剂就想也不要想了，进口的都不能保证一定好用，特别是流动相用的水，一定要干净。(2)样品前处理要尽量干净。(当然干净与效率和回收是成反比的，要综合考虑)。最好能配上十通阀，将非出峰时间的流动相排除于质谱之外。(3)在满足灵敏度的前提下，流动相的用量也要尽量少(摸索条件时尽量考虑普通液相)，进样量尽量小，进样浓度尽量低，在针泵模式时，浓度最好不要超过1ppm，而做样品时的样液浓度应该更低。(4)离子源要常清洗干净，样品量大时，每天清洗一次也不过分。(5)做完样品后，在冲柱开始前，记得把柱出口的管路拧下来，毕竟让这些废液进入质谱腔中是毫无意义的。
3连接管路
气质联用仪的管路基本固定，需要注意的是气相柱进入质谱腔中的长度要求比较严格，一般有专门的要求或工具度量。
对于使用液质联用仪时，常规液相的管路安装好后就是相对固定的，一般除了换柱外，操作者不会对管路进行拆接工作。而液质由于存在着针泵进样方式，所以管路经常需要有拆接行为，凡是我们经常动的地方就是仪器经常出问题的地方，“虚接”，“渗漏”等问题很隐蔽，有时很不好找。
4液质联用仪与普通液相色谱仪的区别
液质联用仪所用的液相色谱仪与普通的液相在结构上没有什么区别，但是在使用时却有不少限制。(1)流动相组成受限制。如不能用不挥发的缓冲盐和有酸类，象磷酸和磷酸盐是禁止使用的。因此，液质联用仪用的多是甲酸、乙酸、醋酸铵之类。(2)流量有一定的限制，如ESI源不能超过0.5ml/min，就算是APCI也最好不超过1ml/min。否则就要接上三通分流(3)最后才用液相。对于气质联用仪来说，必须通过气相色谱仪进样(能直接进样的不多)。而液质联用仪在最后一步才需要连接液相，条件摸索时只需要一个针泵就行了。