在初次使用前，恒温振荡器应先将恒温器电源插头用万用表作一次安全检查，用测量电阻之一挡，量插头上相，中，地，相互之间是否有短路或绝缘不良现象;按规定加入蒸馏水(水位离盖板约30-43毫米)将电源插头接通电源，开启控制箱上的电源开关及电动泵开关，使槽内的水循环对流;调节恒温水浴至设定温度。
假定室温为20℃，欲设定实验温度为25℃，恒温振荡器其调节方法如下：先旋开水银接触温度计上端螺旋调节帽的锁定螺丝，再旋动磁性螺旋调节帽，使温度指示螺母位于大约低于欲设定实验温度2~3℃处(如23℃)，开启加热器开关加热(为节约加热时间，最好灌入较所需恒温温度约低数度的热水)，水浴振荡器如水温与设定温度相差较大，可先用大功率加热(仪器面板上加热器开关位于“通”位置)，恒温水箱当水温接近设定温度时，改用小功率加热(仪器面板上加热器开关位于“加热”位置)。注视温度计的读数，当达到23℃左右时，再次旋动磁性螺旋调节帽，使触点与水银柱处于刚刚接通与断开状态(恒温指示灯时明时灭)。此时要缓慢加热，直到温度达25℃为止，然后旋紧锁定螺丝。
恒温振荡器加热最好选用蒸馏水，切勿使用井水，河水，泉水等硬水，尚用自来水必须在每次使用后将该器内外进行清洗，防止筒壁积聚水垢而影响恒温灵敏度。
恒温振荡器如需要用低于环境室温时可用恒温器上之冷凝管致冷，可外加和恒温器相同之电动水泵一只将冷水用橡胶皮管从冷凝筒进入嘴引入至冷凝管内致冷，低温水槽同时在橡皮管上加管子夹一只，以控制冷水的流量，用冷水导入致冷一般只能达到20-15℃之间并须将电加热开关关断。