组织结构图分为外部组织结构图和内部组织结构图。外部组织结构图重在描述和外部组织的接口，二级法人需描述其在母体组织中的地位，和母体组织中其他机构之间的关系；一级法人则可以描述上级行政主管部门（如有的话）和有业务指导关系的机构。一级法人通常不必在手册中提供外部组织结构图。内部组织结构图应真实反映机构的内部设置，包括最高管理层的组成和分工，各管理部门和专业科室的设置、非常设机构的设立以及他们各自在实验室中的地位、作用和相关关系。内部住址结构和外部组织结构有时也可在一张图中表示出来。
组织机构框图中领导关系用实线。这里要注意的是，专业科室和管理部门虽然在行政级别上是平行关系，但由于管理部门的组织、协调和服务的职能，在组织机构框图中有时可居于专业科室之上。管理部门可用实线和箭头指向表示他们与专业科室间的相互关系。非常设机构可用虚线方框表示，和最高管理层中的分管负责人之间用虚线相连。对二级法人的实验室，当技术保障和供应由实验室外的其他部门提供时，可用虚线相连。
在有的国际组织和国外检测/校实验室提供的组织结构图中，上下级之间的连线不带箭头；没有反映出非常设机构；方框中没有智能或职责的简单描述；管理部门和专业科室是并行关系，同样接受实验室最高管理层的领导。