由于二级法人本身不能独立承担法律责任，在保证质量活动的公正性方面，存在着某些不同于一级法人实验室之处。为此，通常规定如下：
（1）母体组织的最高管理者授权实验室开展检测/校准活动，承诺为其承担法律责任。书面授权的文件应说明授权内容（如由授权人行使对实验室的管理职权，负责建立实验室的质量体系，配置检测/校准活动所需的资源，维护实验室的技术能力，保持实验室的技术发展等）和授权有效期，规定实验室可以自主采取的行为，声明在业务行文、签订合同、计划管理等方面具有相对独立性，明确可以享有的财产分配和处置权，以便使二级法人在享有部分自主权的前提下开展检测/校准活动和实施质量管理，履行相应的法律义务。
（2）限制和约束母体组织中的有关部门和人员，避免对实验室检测/校准活动可能造成的潜在利益冲突。
二级法人只是母体组织的一部分，不享有完全的人、财、物、的处置分配权，在各种资源的获取方面不得不受制于母体组织最高管理者以外的其他领导者或其他部门，当母体组织中其他领导者或其他部门提出有违于公正性、独立性和诚信度的某些要求或建议时，实验室会担心，拒绝他们的要求，是否会使自己的正当权利受损。因此，作为母体组织，有必要对其他部门和人员的行为做出一些限制和约束，并形成书面文件。
（3）最高管理者兼任二级法人实验室的负责人，实验室在组织结构上应独立于生产、财务、商贸经营部门并不受其管辖，而接受母体组织的直接领导。
有时母体组织的最高管理者可能无暇顾及实验室的具体工作，需要设立常务副主任主持日常工作；但又最高管理者兼任二级法人实验室的负责人，可以保证实验室日常工作的管理者和母体组织最高管理者的直接接触和有效沟通，反之，如果缺乏最高管理者应有的关注，各种明文规定可能会流于形式，不能真正起到作用。为次，实验室在组织结构上应接受母体组织的直接领导，以便有利于资源的获取和利益的维护。