质量目标是在质量方针和实验室战略策划的大框架下，实验室所追求的质量方面的目标。质量方针可以是抽象的，质量目标则是可实现、可量化、可考核的。例如，有的实验室提出了“遵循认可准则，贯彻质量方针，完善质量体系，采用先进技术，追求报告/证书合格率99%，力争顾客满意率99%”的质量目标。在有的实验室的质量目标中，还包括了某些可量化的子项目以及实现目标的时限，并制定了相应的测算方法。
实验室最高管理者应在体系策划过程中依据质量方针制定能够导致业绩改进的质量目标，并针对不同部门制定相应质量目标。由于内、外环境的变化，必要时实验室会相应做出一些调整，更长时期的质量目标不易把握，因而在质量手册中通常给出3-5年的质量目标。为了实现这一中长期质量目标，实验室还可以另外指定年度目标或阶段性目标。年度目标属短期目标，实验室应在年度计划中提出，在下次管理评审时对质量目标的完成情况进行评估，以利于质量改进的实施。