内审和外审的不同主要体现在：
（1）目的不同。内审从改善内部管理出发，通过对发现的问题采取相应纠正措施、预防措施，推动质量改进；外审是通过对实验室质量管理体系和技术能力的评价，为顾客承认或第三方认可/授权提供依据
（2）审核组的组成不同，内审以实验室的名义组成审核组，又实验室最高管理者或质量主管负责聘任有资格的人员和有关人员实施；外审则由顾客或第三方委派审核组（实验室认可的现场评审由CNAL确认的有资格的人员实施）
（3）审核计划不同。内审可编制集中式滚动式计划，一年覆盖全部要素（过程）和所有部门；外审则编制短期内（通常三天，时间的长短取决于申请的认可范围）审核所有要素（过程）和相关部门的现场评审计划。
（4）不符合项分类不同。内审的不符合项考虑到纠正措施的不同，往往分为体系性不符合、实施性不符合、效果性不符合：外审中出现的不符合项不再分类。
（5）审核员对纠正措施的处置不同。内审对纠正措施可以做咨询，可以提方向想意见供参考，内审员对完成情况需跟踪和严正；外审对纠正措施不能做咨询，对整改计划及其落实情况要经审核组长认可，并进行跟踪审核。