内部审核通过持续符合性和有效性验证，发现和纠正质量管理体系在建立和实施中的问题，因此内审中的不符合不是按其严重性，而是考虑靠纠正措施的不同按性质分以下三类。
（1）体系性不符合
体系性不符合是指制定的质量管理体系文件与有关法律法规、认可准则、合同等的要求不符。例如，某实验室未建立对分包方进行评价的程序；体系文件中没有规定影响检测/校准质量的辅助设备和消耗性材料的采购，应优先考虑质量的原则。
（2）实施性不符合
实施性不符合是指未执行体系文件的规定，或虽然执行了，但未按文件规定实施。例如，某实验室对原始观测记录虽然规定了要包括多种信息，以便复现，但实际上环境条件、使用设备、测量方法等都未予记录，这就属于实施性的不符合。
（3）效果性不符合
质量管理体系文件是否符合认可准则或其他文件要求的，也确实实施了，但由于实施不够认真，或某些偶发原因而导致效果未能达到规定要求，这种不符合称为效果性不符合。
还有一类问题虽未构成不符合，但有发展成不符合的趋势。这类问题可作为“观察项”向受审方提出，以引起重视并做出相应的预防措施。
为了使最高管理者注意到那些比较严重的不符合项并引发重视，在审核报告中可将各类问题按重要程序排列，并重点指出重要的问题。