测量不确定度和测量能力的不同主要体现在：
（1）定义不同
JJF1059—1999《测量不确定度评定与表示》对测量不确定度的定义是“表征合理地赋予被测量之值的分散性，与测量结果相联系的参数。”
JJF1104—2003《国家计量检定系统表编写规则》对最佳测量能力的定义是：“通常提供给顾客的最高测量水平，它用包含因子k=2（或置信概率p=95%）的扩展不确定度表示。”
（2）测量不确定度和最佳测量能力的针对性不同
测量不确定度是针对测量结果的，每一个测量结果都有它的测量不确定度，即测量不确定度是衡量测量结果可靠性的参数，不适合于表征测量仪器。而最佳测量能力是对某一个校准项目而言的。是设备、人员、环境等条件都符合规程或规范的要求，而被校准对象又是比较理想的情况下所得测量结果的不确定度。因此，对大多数校准而言，所报告的不确定度应比最佳测量能力大。
（3）关于评定方法的差异
笼统地谈测量不确定度，用于一般概念，只有测量不确定度前面被冠以限定词，比如合成不确定度、扩展不确定度时，表示某一特定的测量结果的不确定度，因此在评定时需要具体说明。
最佳测量能力以扩展不确定度的形式表示，通常包含因子k=2。如果合成标准不确定度不服从正态分布，包含因子就不是2了。例如，若为均匀分布，对应于95%置信概率的k为1.65。
根据计量法实施细则，计量基准器具和计量标准器具均需要运行在规定的条件下，计量标准作为整体，准确度体现为最佳测量能力，作为标准器，体现为复现或保存量值的不确定度。由此可见表示最佳测量能力的不确定度是一种特定的不确定度，对它的分析评定同样遵循JJF1059规定的方法。
在实验室认可工作中，实验室出具的校准证书应包括测量结果的测量不确定毒，在申报认可项目时，应给出校准项目的最佳测量能力。