实验室的布局需要考虑的方面很多，有一些是需要在设计时就要考虑到的。例如实验室的通风、采光、结构、环境噪声、电源、水源的供给、接地、电磁干扰、大型设备的安装、安全防护、报警设施等。微生物检测实验室的总体布局和各部位的安排还应减少潜在的对样本的污染和对人员的危害。用于校准的房间应适当宽敞，设计合理，便于放置参考计量标准、工作计量标准和其他仪器设备。
为此，实验室设计时需要首先了解检测/校准所依据的技术文件的要求、仪器设备的安装和使用要求、实验样品的要求和检测/校准人员的生理要求，环境影响量不应对检测/校准构成不利影响或环境对检测/校准测量结果不确定度的影响应最小。技术负责人应组织有关专业人员根据仪器设备的使用限制要求和检测/校准方法建立环境控制要求并形成书面的文件。绘制实验室平面布置图，并在布置图上标明有关要求对设计是有帮助的。
认可准则5.3.3条规定：“应将不兼容活动区域进行有效隔离。应采取措施以防止交叉污
染”。例如：振动标准实验室、质量标准实验室应远离冲击实验室。又如，量块清洗间应与量块校准间分开，以防清洗产生的有害物质对校准间的影响。有时，“隔离”不一定是不同活动在不同的房间进行，如果采取了隔离措施，可以有效防止相互干扰可认为满足要求。
恒温机组安装地点的选择是实验室整体布局中考虑的一个重点。由于产生的噪声、振动比较大，一般，恒温机组应和检测/校准的房间保持一定的距离，但如果相距太远，又会造成不必要的能源损耗。此外，将温度要求高的检测/校准间尽量安排在相互邻近并靠近恒温机组的地方，也有利于节约能源。