企业集团组建起来以后，会遇到各种错综复杂的关系。如党委和政府对企业集团的领导成员管到哪一层次？集团公司和成员企业的会计报表如何合并和报送？各种税款是集中缴纳还是属地缴纳？这些关系只有加以明确和理顺，才能为企业集团的发展创造良好的内外环境。
一、理顺组织管理关系
企业集团是一个法人联合体，它本身并不具有法人资格。代表集团行使综合管理职能的，是集团的核心企业即母公司。正因为母公司所处的核心地位，企业集团一般采取与母公司“一套班子，两个牌子”的领导体制，由母公司的领导班子在搞好本公司组织管理和经营工作的同时，负责整个集团重大问题的决策。母公司的领导体制，尽管它属集团公司，是公司的一种特殊形式，但也属于公司范畴，自然要受《公司法》的规范。根据《公司法》规定，不管母公司属有限责任公司、国有独资公司，还是股份有限公司，都应建立起规范的法人治理结构。即根据决策机构、执行机构和监督机构要相互独立、权责明确、相互制约的原则，形成由股东会、董事会与总经理层组成的公司内部组织管理机构。政府和党委组织部门按照《公司法》和有关干部管理的规定，具体办理母公司的董事长和总经理的任免事宜。而企业集团的领导成员，一般不再另行公布。集团成员企业，一旦加入企业集团的紧密层，尽管还应接受原行业主管部门的行业管理，但隶属关系已发生了变化，不管规模大小，领导成员都应由集团公司公布。子公司与母公司异地经营的，其领导成员人选，还应由母公司征求其所在地党委、政府的意见。实行计划单列的企业集团，直属同级政府领导，日常工作可委托经济综合管理部门代管。未实行计划单列的企业集团，其核心企业即母公司的主管部门，原则上即为集团的主管部门。集团母公司和各子公司的党、团、工会等关系和日常工作，按规定分别归当地管理。
二、理顺财务管理关系
企业集团的各成员企业（包括母公司），作为法律意义上的独立法人，应该各自进行独立的会计核算，并按规定向有关部门提供会计报表。但是，这种个别的会计报表，只反映个别成员企业，不能反映企业集团的整体情况。因此，为了满足会计报表阅读者对企业集团信息的需求，以便于政府加强对企业集团的宏观调控和监督，还必须进行合并会计报表。合并会计报表是由企业集团母公司统一编制的。它把母公司、子公司形成的企业集团作为一个经济意义上的会计主体，对有关财务数字进行合并，综合反映企业集团整体经营成果、财务状况及其变动情况。合并的范围包括母公司有控制权的全部企业。这里的控制权，是指能够统驭一个企业的财务和经营决策，并以此从企业经营活动中获得利益的权力。我们通常可以理解为企业集团合并会计报表的合并范围包括被控股的紧密层以上企业。但它还包括了母公司间接拥有或通过直接和间接方式拥有其过半数以上权益性资本的被投资企业。对其他通过协议、章程被母公司租赁、兼并和托管的企业，也应包括在财务报表的合并之内。
为了加强企业集团的财务管理，集团内部必须建立统一的财务会计机构。在组建企业集团初期，企业集团与集团公司的财务部门可实行“一套班子，两个牌子”的管理方式，开展集团内部财务管理工作。随着企业集团的逐步发展，应成立集团资金结算中心，实行内部结算和存贷统一，分户算帐，对外统一向工商银行办理信贷，对内统一调度资金和办理各成员企业之间经济往来的资金结算，从而统一集团内部的资金管理。具备条件的大型企业集团，应当在集团内部成立非银行性的金融机构-财务公司，由财务公司负责管好、用活企业集团的自有资金，在集团内部融通资金，统一对口上级财务部门和金融机构，以强化和统一集团的财务管理工作。
三、理顺税务管理关系
企业集团的紧密层以上成员企业，在法律上均处于独立的纳税人地位。因此，按照国家有关税务管理的规定，应向其所在地（即纳税人的实际经营所在地点）税务机关缴纳各种税款。对于纳税地点的确定，一般企业不会产生任何异议。但是，有些企业集团为了减轻税赋，提出了集团成员企业由集团母公司盈亏平衡后，集中纳税的政策要求。按照国际惯例做法，是否集中纳税应依企业联系的紧密程度来决定。对于参股公司形成母子公司关系的企业，应分别在其所在地缴纳企业所得税。对于完全控股公司关系，母公司与分公司关系的企业要集中纳税，以减少征税手续。从经济法律上讲，子公司具备独立法人资格，可以独立承担经营后果；分公司不具备独立法人资格，因而不能独立缴纳税收。分公司要集中缴纳企业所得税，子公司则就地单独缴纳所得税。我国市场发育不健全，企业集团的建立也还不够规范，国家为了支持企业集团发展，规定经国务院批准成立的企业集团（第一批试点企业集团五十五家），其核心企业对紧密层企业资产控股为100%的，可由控股成员企业选择由核心企业统一合并纳税，并报国家税务总局批准。各级地方政府也纷纷参照这一试点办法，确定自己重点扶持的骨干企业集团，实行紧密层以上企业集中缴纳所得税。这一优惠政策的落实，在一定程度上减轻了企业集团个别成员企业的亏损负担，增加了企业集团的资本金注入，促进了企业集团的发展，但也形成了“以富济贫，保护落后”的消极影响。因此，待我国企业集团进行规范化改造后，也应采取国际惯例通行做法，逐步解决企业集团成员企业的纳税问题。
此外，还应理顺企业集团的劳动工资、人事管理、统计渠道和计划、审计等各方面的关系。集团成员企业与所在地的关系，集团公司与行业主管部门、经济综合管理部门的关系，集团核心企业与其他成员企业的关系，也是理顺企业集团管理关系的重要内容。