组织结构治理是实现民营企业战略目标的重要保证，是决定企业治理成败的一个重要因素，是为实现目标对资源的一种系统性安排，只有调整好企业的组织结构，理顺各部门之间、各部门内部的关系，明晰权责，才能为下一步的流程设计、绩效考核激励体系打下基础。
民企治理专家曾水良认为，组织结构不仅仅是保证企业高效运作的根本，也是最大限度的减少民营企业员工在事务性工作上被消耗掉的精力。对组织结构的分析。通过对民营企业组织结构和管理岗位组成、功能和运行状况的分析，考察组织结构和管理岗位的结构、功能的完整性、合理性、清晰性；组织中结构和岗位职务、职责、职权的完整性和合理性；管理工作流程的合理性和顺畅性等。组织结构一般分为职能结构、层次结构、部门结构、职权结构四个方面，但在对具体组织结构分析的时候，这四大块的内容又往往交叉在一起，混淆不清，彼此之间的逻辑关系也不明了。
因此，民企治理专家曾水良认为，要形成一个系统性的分析思路，必须有非常丰富的本企业经验和严谨的思考方式。
1、职能结构是指实现组织目标所需要的各项业务工作以及比例和关系。其考量维度包括职能交叉（重叠）、职能冗余、职能缺失、职能割裂（或衔接不足）、职能分散、职能分工过细、职能错位、职能弱化等方面。对各部门在目前的组织系统中的作用、各部门的分工、隶属、合作关系是否明确等进行分析，判断企业现有组织结构中各部门的职能是否缺失、交叉、冗余、职能错位等，可以结合企业价值链，对价值链上各环节的职能进行逐个分析，这样就不会出现之能遗漏或重复的现象，思路非常清晰。经过这个过程，就能确定主要职能改进领域与改进重点。
2、层次结构是指管理层次的构成及管理者所管理的人数（纵向结构）。其考量维度包括管理人员分管职能的相似性、管理幅度、授权范围、决策复杂性、指导与控制的工作量、下属专业分工的相近性等。对民营企业现有的组织结构设置状况，高层领导管理层次、管理幅度、管理分工是否明确和合理，管理岗位任务量与配备人员数量与素质适应状况分析。这要求先理清企业现有组织结构的设置状况，从现有人员的安排、职务分工等方向进行梳理，画出企业的组织结构图来。一些管理不到位的企业甚至可能没有现成的组织结构图。
3、部门结构是指各管理部门的构成（横向结构）。其考量维度只要是一些关键部门是否缺失或优化。从组织总体形态，各部门一、二级结构进行分析。从组织横向结构分析各管理岗位和管理岗位体系的完整性，权力指挥系统的完整性、合理性等。
4、职权结构是指各层次、各部门在权力和责任方面的分工及相互关系。主要考量部门、岗位之间权责关系是否对等。对职权结构的分析主要是对高层领导职务、职责、职权是否一致，部门职务、职责、职权是否一致，管理岗位职务、职责和职权的一致性进行分析。
完整的企业组织结构设计。
1、组织结构图以职能为划分标准的组织结构图应当包括企业各部门的组织结构图以及部门内部组织结构图，组织结构图中最小的单位应当是职位。以职权为划分标准的组织结构图应当在前一组织结构图的基础上，标明各领导及主管岗位的管理权限。单人决策在组织中并非最糟糕的，越权指挥和越级指挥将使得组织结构形同虚设。
每一个带有指挥下属职能的岗位，其岗位责任人的工作就是将上级安排的工作领会、分解，安排给下属，并在必要的时候给予指导，把握下属的工作进程，监控下属的工作效果。
2、职能描述。那些工作属于本部门，那些工作属于外部门，那些工作需要多个部门合作完成，必须有明确的规定。因职能设立部门，因工作设立岗位是一个最基本的原则，切忌因人设岗。只有理清本部门的职能后，才使得部门内需要设立那些岗位得以明晰。同时，为了有章可依，使得部门间不互相推诿，必须将这些工作以书面形式明确下来。甚至可以进行公示。这里需要注意的是，部门的职能一方面是稳定的，但是另一方面也是可以根据实际运行情况随时得以调整的。之后，便是根据部门的职能，设置必要的岗位并建立职位说明书。与部门职能的要求相同，职位说明书并非一尘不变的，而是随时可以根据实际需要进行修改的。
3、层级设置。这里说的层级并非组织结构的层级，而是指各职位在整个组织结构中的级别高低。确定公司的整个组织结构中有多少个层级，各个职位属于哪个层级是非常必要，一方面牵涉到部门间工作协调时的工作方法，另一方面也牵涉到将来的工资制度的建立，升迁的路线，因此也需要重点明确。民企治理专家曾水良认为，在完成职位所明书之后，企业组织结构的基础构架也就完成了，但要使企业运作起来，就必须根据根向工作的实际工作内容，制定种种的工作流程，并将相关责任人的权责全部列入其中。顺便提一下的是，工作流程的建立包括两个方面，一是部门内部的工作流程，二是需要在部门间协作的工作流程。根据工作内容和工作流程，还能够建立考核体系，而根据考核体系能够设计薪酬体系。职位说明书则是招聘、培训工作的基础。