战略管理不力导致自主创新停顿
自主创新需要企业的战略引导。从学科的逻辑结构与思想方式看，创新与战略几乎相同。中国企业自主创新不足与企业自身战略管理能力的薄弱有很大的关联。许多企业只有发展的利润和销售额指标，而没有基于自主知识产权及技术的增长指标。因此，中国企业在对增长（如创新）的投资和对股东回报的投资方面一直失衡，甚至没有这样的策略安排。如果和杜邦公司已策划好的2090年发展战略相比，不少中国企业的战略愿景显得十分渺小、短视与羸弱。
企业自主创新，首先要突破企业的传统发展模式，实现从基于引进与简单制造的经营到整合国外新兴、突破性科学技术和商业资源，创造更高附加值、更环保的产品或服务的转型。世界创新的典范3M公司一直在战略上要求当年开发的新产品与新服务要为下一年的销售收入创造10%的贡献，这样的战略目标导致了3M每年开发的新产品高达1500件。少许的中国领先企业如中国国际海运集装箱（集团）股份有限公司从早期的单纯复制国外样品，发展到生产高质量产品，进而努力掌握核心专利，更加积极制订或参与制订集装箱的国际标准，已经反映了部分中国企业在创新竞争上的新认识、新作为。因此，增强战略管理能力，增强战略创新能力，加强企业战略与技术创新的良性互动，是实施自主创新的重要条件，没有企业战略、产品设想、技术实现的战略路径分析，中国企业自主创新难以真正实现。
组织流程僵化阻碍自主创新的发展
实现企业自主创新，要重视继续创新组织结构的优化。创新的实质是实现创意到商业化的有效延伸，因此，对组织的要求极为严格。传统的中国企业延续的是工业社会的科层、等级制的组织结构，使得研发、生产与营销的联系等很容易割裂，即便高强度的研发也不足以冲破部门的藩篱，市场需求与技术供给难以得到真正的匹配，科技成果转化为生产力却在企业这一先进的组织难以实现。适合创新的企业必须根本改革企业的组织，使之成为面向顾客的流程化组织形式，以更快、更有效率地将创意孵化成有可制造、有商业价值的产品。将顾客的需求与企业自身的知识与技术供给连接，就需要企业不断地进行组织变革。从这一层面看，创新与变革又是紧密相连的主题词。海尔集团不断调整组织结构，努力达成商流、产品流与物流的和谐统一，努力实现业务订单与员工工作任务的匹配，甚至跨向透明的、“零”管理层的组织结构，对其创新的发生及最后的价值实现起到了重要的作用。为此，企业不断加强组织变革与创新，为新思想变成新价值搭建卓越的流程平台，组织结构进一步的面向顾客扁平化，减少组织的官僚控制，增强组织的服务功能，是促进中国企业自主创新的良训。
资源不足限制自主创新的产生
创新就是创造性地实现资源的重新组合，这些资源包括了信息、资金、人才、品牌、知识产权等一系列有形与无形的资源。首先，实现企业自主创新，要求企业不断丰富与扩大创新资源，特别是信息与知识源。为了加快这一进程，企业对内需要充分调动员工参与创新的积极性，逐步实现企业自主创新的全员参与。宝钢集团每年人均四条的合理化建议，每年多人从事竞争信息开发的企业管理方式，就是国内企业在这方面的有益尝试，丰田公司更是以每年人均35条的建议，成为世界上极具创新的企业。由于中国多数的企业管理高层并未真正形成尊重员工的良好作风，员工参与创新的积极性和活力难以为继。只有开发出并真正实现IBM公司等“给员工充分的关心”之类的文化氛围，才能从本质上迎取并发展来自员工的创意。在企业外部资源方面，则需要动态地确认自己的领先供应商及领先顾客，并与之建立战略性的、真诚的信任与合作关系，包括建立与各类科研教学机构、政府以及非赢利性组织的广泛而密切的关系，中国企业的市场研究能力仍然低下，在市场需求日益细分的情形下，仅仅依靠企业经营者的直觉是完全不够的。
用于战略与市场分析的情景分析、技术预见、竞争情报等工具手段，大部分中国企业不会应用。企业的信息资源总体比较匮乏，与IBM公司订购了几乎所有的计算机刊物以及我国深圳华为的图书库相比，中国企业的资料、信息库需要极大的改进。
制度落后干扰自主创新的涌现
良好的制度与文化是创新产生的重要条件。首先，企业不应丢失精细严谨、规范扎实的制度氛围，并且要努力保持企业战略、组织流程与资源的高度匹配。因此，与传统思维相反，适合自主创新的文化先是一种有纪律的文化。深圳华为、海尔集团等企业均具有严明的纪律，甚至有些军事化管理的情调，但这是为了保证各类资源在企业的畅通无阻。此外，创新具有不确定性高、风险大的特征。因此，在统一企业价值观的同时，也要弘扬鼓励尝试、容忍失败的文化。3M公司一方面追求创新的目标，推出了“15%规则”（员工可以花15%的时间从事自己喜爱的探索工作）等措施，公司经理对正常的创新失败做到“善意的视而不见”等文化氛围，这是自主创新产生的关键。鼓励宽松和谐、尝试冒险的文化，是企业文化建设的重要层面。因此，自主创新的文化是一种独特的二元文化，在保持统一性、协调性的基础上，略微增加个性、宽容失败的内涵，是企业实现自主创新的文化基础。中国企业不善于构建二元组织文化，以及相应的文化创新，因此，也无法在保持统一性和个性的均衡，换言之，思想规范与产生具有生命力的新设想无法同时实现。
中国企业虽然在创新方面加深了认识，提高了觉悟，部分企业也做了看似成功的尝试，但是大多数企业没有把握创新的基本规律，没有找到有效地开展自主创新的关键路径。其中，对来自战略、组织、资源、制度方面的细微分析，凸显出问题本质是中国企业管理的根本落后。改革开放以来，中国企业一直忙于对外部资源，特别是土地等有形资源的获取，内在的企业管理功底却十分低下，既丢掉了计划经济时代优良的管理模式，如“鞍钢宪法”、技术革新的“老中青三结合”等，同时对市场经济诞生的企业管理理论与方法也缺乏思索，一知半解，盲目采用。
因此，企业开展自主创新一直缺乏优良的管理平台，故无法真正实现。产生这一现象的根本原因还是中国企业缺乏企业家，大多数企业管理者是保守的资产代理人或者是灵活的商人，真正意义上能长远思考、敢冒风险、持久不懈、诚实善良的企业家还为数不多。在中国经济需要进行结构调整，并且大力发展自主创新，以进一步提高中华民族的竞争力的关键当头，中国的企业管理工作者应尽早地加强思想、理论与方法的修炼，成为优秀的企业家，并且在这一过程中，在中华优良文化的土壤里融合先进的管理方式，然后，扎扎实实地一以贯之，唯其如此，中国企业自主创新的成功几率才会大大提高。