总部组织架构的实际运营中经常出现很多问题，比如公司发展战略难以贯彻、内部机构繁复，效率低下、财务核算不清，帐务混乱，财务控制不力等等，这些问题在公司的运作中应该或多或少都出现过。
虽然集团类型实际管理水平和管理模式的差异都会影响集团组织结构的设置，但无论采取什么样的组织结构设置，设计集团总部的组织责任体系应该遵循的原则是统一的：
根据集团总部的职能定位设置相应设置组织架构和责任体系
内部组织和权责划分合理，调动总部和下属公司两个积极性
管理效率高，操作规范，漏洞少
投资、资产利用效率高，操作规范
信息化建设能够支持公司发展，且有效提高管理水平
合适的母子公司管控模式是需要合适的组织架构与之相匹配的。公司组织架构的具体形式有如下选择：直线职能制、事业部制、矩阵制、子公司制、及多中心网络式。但是影响集团公司组织结构具体形式的因素还有竞争环境、公司战略、业务组合、行业特点、企业规模、管理传统、政府政策、法律规定、集团所处的不同发展阶段，等等，甚至包括经营者的风格。因而在现实生活中，集团公司的组织结构实际上往往是以一种混合的形式存在的，它们多半是以母子公司制为基础，同时混以事业部制和直线职能制。
集团总部各部门的使命和职责需重新审视定义，作为职责划分的结果，并成为各部分管理模式的指导
另外需要强调的是，不同类型的组织变革面临不同的变革阻力和难度，必须采取相应的变革措施确保变革的成功。