1.超声参数设置：设置键好仪器工作参数（具体设置见说明书），对于对温度要求比较敏感的样品（比如细菌）一般外面采用冰浴，实际温度肯定是低于25度，蛋白核酸肯定不会变性。
a.容器选择：有多少的样品就选多大的烧杯，这样也是有利样品在超声中对流，提高破碎效率。例如；20mL的处理量最好用20mL的烧杯。如100ml大肠杆菌样品设置参数：超声5秒／间隙5秒次数70次（总时间为10分钟）。功率300W（仅供参考），500ML左右的量，功率开到500W-800W左右；
b.时间：超声时间每次最好不要超过5秒，间隙时间应大于或等于超声时间，以便于热量散发。时间设定应以超声时间短，超声次数多原则，可延长超声机子以及探头的寿命；
c.超声功率：不宜太大，以免样品飞溅或起泡沫，如小于10ml样品容量，功率应在200w以内,选用2mm超声探头，另将面板后面的变幅杆选择开关打到相应挡；10-200ml样品容量的功率在200－400w，选用6mm超声探头，另将面板后面的变幅杆打到相应挡；200ml以上的样品容量功率在300-600w之间，选用10mm超声探头，另将面板后面的变幅杆打到相应挡；（2MM的小探头功率严禁超过350W）。
2.切记空载（一定要将超声变幅杆插入样品后才能开机）。
3.若样品放在1.5ml的EP管里请一定要将EP管固定好，以防冰浴融化后液面下降导致空载5、日常保养：用完后用酒精擦洗探头或用清水进行超声。
4.变幅杆（超声探头）入水深度：1.5Cm左右，液面高度最好有30mm以上，探头要居中，不要贴壁。超声波是垂直纵波，插入太深不容易形成对流，影响破碎效率。