一、测量的对象不同：凯氏测量的是氨态氮氮；燃烧法测量的是总氮
样品中的氮含量根据定义不同有：总氮、凯氏氮、铵态氮、硝态氮、亚硝态氮；也可以分为：有机氮和无机氮。燃烧法测量的是总氮的含量。凯氏方法可以分别测量出来上述各个氮含量。样品不经过消化直接蒸馏测量，就是无机氮中的铵态氮；在蒸馏过程中加入催化剂将硝态氮、亚硝态氮转换成铵态氮，其结果就是无机氮。样品经过消化蒸馏得到的是凯氏氮，在消化前加入催化剂将硝态氮、亚硝态氮转换成铵态氮，得到的是总氮。因而燃烧法测量的结果总是高于凯氏氮的结果；没有人为掺假的食品，二者测量结果是一样的。
二、原理不同：凯氏方法是绝对测量；燃烧法是相对测量
凯氏方法是利用浓硫酸消化、碱性环境蒸汽蒸馏、硼酸吸收、指示剂滴定终点颜色判定法，根据滴定体积来计算出氮含量。燃烧法：在高温情况下，使用充足的氧气将样品全部燃烧，生成氮的氧化物，再还原出氮元素，利用TCD检测器测量其信号强度，与事先标定的曲线进行比对，计算出样品中的氮含量。凯氏方法是绝对测量，与标准样品无关，可以直接测量标准品的含量，并用来检验仪器的准确性；燃烧法是相对测量，必须依靠标准品，标准品的准确性定标直接影响测量结果，没有办法检验仪器的准确性。
三、标准不同：凯氏方法是所有样品的国标；燃烧法是参考方法
凯氏方法是食品、饲料、土壤、环境、种子等样品中氮或蛋白质含量测量的强制标准，测量结果具有互通性和可比性。由于燃烧法和凯氏法测量的氮含量对象不同，造成样品种类不同、成份不一样，结果偏差也不一样。燃烧法不适合化肥中的氮含量的国家标准。
四、设备价格：凯氏定氮仪一般是10-40万；燃烧法定氮仪一般是50万
凯氏方法根据自动化程度不同一般有很多种型号，价格相差也较大。燃烧法型号比较单一，一般带有100位的自动进样器，价格比较昂贵。
五、样品量不同：凯氏方法是常量分析；燃烧法是微量分析
凯氏方法是常量和半微量；燃烧法是从微量扩展到半微。凯氏法固体到5g、液体到15ml；燃烧法最多到1g；关键是：凯氏法可以一直使用最大量分析，而燃烧法如一直使用最大量分析，则燃烧后的无机残渣堆积在仪器里面，要求频繁清理，同时也会缩短仪器的使用寿命。对于均匀性不好的固体样品，脂肪高的食品，只能通过大取样量来减少测量结果的偏差，燃烧法显得稍微。困难；如大豆、玉米。此外鲜肉类食品，由于蛋白、脂肪分布不均匀，也建
议是大的取样量。
六、自动化程度：凯氏定氮仪人为操作多一些；燃烧法定氮仪都自动
凯氏方法需要人为的添加浓硫酸等消化试剂、样品进样、试管的清洗等很多人为的操作，燃烧法只需要称样，再将样品放于自动进样器中，就全部完成任务，仪器自动分析长达几个小时，而不需看管。
七、分析速度：凯氏定氮仪要1个小时；燃烧法定氮仪只需3分钟
燃烧法分析一个样品一般为：3-5分钟，非常快；全自动凯氏定氮仪(http://www.dsddy.cn/)的蒸馏滴定时间一般为3-5分钟，但消化时间要1小时；一个样品要一个小时以上，对于大量样品的用户，要合理配置消化部分：使用20位的消化器，做到消化、蒸馏滴定同时进行，形成一个连续过程，可以达到：平均5分钟一个样品。
八、运行费用：凯氏方法的试剂成本：RMB1.0元/样品；燃烧法的耗材成本是：RMB10元/样品
凯氏法用到的常规试剂：硫酸铜、硫酸钾、硫酸、氢氧化钠、硼酸等，一个样品的试剂成本为：人民币1元左右。燃烧法的耗材包含样品舟、还原剂等，一般需使用进口的，才能保证结果的准确性；一个样品的成本为：人民币10元左右。
九、工作环境：凯氏定氮仪有大量化学试剂；燃烧法定氮仪环保
燃烧法使用氧气、氦气，不需要任何化学试剂，环境好些，凯氏方法由于使用了大量的化学试剂，对操作人员和环境会有一定影响。