一、正确安装的问题
使用显微镜前，首先要把显微镜的目镜和物镜安装上去。目镜的安装较为简单，主要的问题在于物镜的安装，由于物镜镜头较贵重，万一学生安装时螺纹没合好，易摔到地上，造成镜头损坏，所以为了保险起见，强调学生在安装物镜时要用左手食指和中指托住物镜，然后用右手将物镜装上去，这样即使没安装好，也不会摔到地上。
二、正确对光的问题
对光是使用显微镜时很重要的一步，有些学生在对光时，随便转一个物镜对着通光孔，而不是按要求一定用低倍镜对光。转动反光镜时喜欢用一只手，往往将反光镜扳了下来。所以教师在指导学生时，一定要强调用低倍镜对光，当光线较强时用小光圈、平面镜，而光线较弱时则用大光圈、凹面镜，反光镜要用双手转动，当看到均匀光亮的圆形视野为止。光对好后不要再随便移动显微镜，以免光线不能准确地通过反光镜进入通光孔。
三、正确使用准焦螺旋的问题
使用准焦螺旋调节焦距，找到物象可以说是显微镜使用中最重要的一步，也是学生感觉最为困难的一步。学生在操作过程中极易出现以下错误：一是在高倍镜下直接调焦;二是不管镜筒上升或下降，眼睛始终在往目镜中看视野;三是不了解物距的临界值，物距调到2～3厘米时还在往上调，而且转动准焦螺旋的速度很快。前两种错误结果往往造成物镜镜头抵触到装片，损伤装片或镜头，而第三种错误则是学生使用显微镜时最常见的一种现象。针对以上错误，教师一定要向学生强调，调节焦距一定要在低倍镜下调，先转动粗准焦螺旋，使镜筒慢慢下降，物镜靠近载玻片，但注意不要让物镜碰到载玻片，在这个过程中眼睛要从侧面看物镜，然后用左眼朝目镜内注视，并慢慢反向调节粗准焦螺旋，使镜筒徐徐上升，直到看到物像为止，同时向学生说明一般显微镜的物距在1厘米左右，所以如果物距已远超过1厘米，但仍未看到物像，那可能是标本未在视野内或转动粗准焦螺旋速度过快，此时应调整装片位置，然后再重复上述步骤，当视野中出现模糊的物像时，就要换用细准焦螺旋调节，只有这样，才能缩小寻找范围，提高找到物像的速度。
四、物镜转换的问题
使用低倍镜后换用高倍镜，学生往往喜欢用手指直接推转物镜，认为这样比较省力，但这样容易使物镜的光轴发生偏斜，原因是转换器的材料质地较软，精度较高，螺纹受力不均匀很容易松脱。一旦螺纹破坏，整个转换器就会报废。教师应指导学生手握转换器的下层转动板转换物镜。
五、正确用眼的问题
用显微镜观察物体时，应双眼同时睁开，左眼往目镜内注视。但有不少学生往往做不到这一点，喜欢用手捂住右眼或干脆闭上右眼，这是不符合实验的观察要求的，这种不良习惯会造成左眼疲劳，同时也不能做到边观察边画图。教师在指出学生这一毛病的同时，应具体示范，告诉学生左眼要尽量贴近目镜，右眼试图向视野内注视，如此反复训练，就会达到双目同时睁开观察的要求。或者也可以通过做以下练习：睁开双眼，用一张纸或手掌竖立在两眼之间，鼻子跟前，使左右眼不能互看对侧一边，然后有意识地先看左边，再看右边，如此3～5次，每天早晚各做一遍，不到一星期便可学会。