菌落总数的测定，一般将被检样品制成几个不同的10倍递增稀释液，然后从每个稀释液中分别取出1mL置于灭菌平皿中与营养琼脂培养基混合，在一定温度下，培养一定时间后(一般为48小时)，记录每个平皿中形成的菌落数量，依据稀释倍数，计算出每克(或每ml)原始样品中所含细菌菌落总数。
菌落计数器操作流程与方法一般包括：样品的稀释--倾注平皿--培养48小时--计数报告。
国内外菌落总数测定方法基本一致，从检样处理、稀释、倾注平皿到计数报告无何明显不同，只是在某些具体要求方面稍有差别，如有的国家在样品稀释和倾注培养进，对吸管内液体的流速，稀释液的振荡幅度、时间和次数以及放置时间等均作了比较具体的规定。
菌落计数器检验方法参见：
GB4789.2-94《中华人民共和国国家标准食品卫生微生物学检验菌落总数测定》
SN0168-92《中华人民共和国进出口商品检验行业标准出口食品菌落计数》
1.菌落计数器操作方法：培养到时间后，计数每个平板上的菌落数。可用肉眼观察，必要时用放大镜检查，以防遗漏。在记下各平板的菌落总数后，求出同稀释度的各平板平均菌落数，计算处原始样品中每克(或每ml)中的菌落数，进行报告。
2.到达规定培养时间，应立即计数。如果不能立即计数，应将平板放置于0-4℃，但不得超过24h。
3.计数时应选取菌落数在30~300之间的平板(SN标准要求为25~250个菌落)，若有二个稀释度均在30~300之间时，按国家标准方法要求应以二者比值决定，比值小于或等于2取平均数，比值大于2则其较小数字(有的规定不考虑其比值大小，均以平均数报告)。
4.若所有稀释度均不在计数区间。如均大于300，则取最高稀释度的平均菌落数乘以稀释倍数报告之。如均小于30，则以最低稀释度的平均菌落数乘稀释倍数报告之。如菌落数有的大于300，有的又小于30，但均不在30~300之间，则应以最接近300或30的平均菌落数乘以稀释倍数报告之。如所有稀释度均无菌落生长，则应按小于1乘以最低稀释倍数报告之。有的规定对上述几种情况计算出的菌落数按估算值报告。
5.不同稀释度的菌落数应与稀释倍数成反比(同一稀释度的二个平板的菌落数应基本接近)，即稀释倍数愈高菌落数愈少，稀释倍数愈低菌落数愈多。如出现逆反现象，则应视为检验中的差错(有的食品有时可能出现逆反现象，如酸性饮料等)，不应作为检样计数报告的依据。
6.当平板上有链状菌落生长时，如呈链状生长的菌落之间无任何明显界限，则应作为一个菌落计，如存在有几条不同来源的链，则每条链均应按一个菌落计算，不要把链上生长的每一个菌落分开计数。如有片状菌落生长，该平板一般不宜采用，如片状菌落不到平板一半，而另一半又分布均匀，则可以半个平板的菌落数乘2代表全平板的菌落数。
7.当计数平板内的菌落数过多(即所有稀释度均大于300时)，但分布很均匀，可取平板的一半或1/4计数。再乘以相应稀释倍数作为该平板的菌落数。
8.菌落数的报告，按国家标准方法规定菌落数在1~100时，按实有数字报告，如大于100时，则报告前面两位有效数字，第三位数按四舍五入计算。固体检样以克(g)为单位报告，液体检样以毫升(ml)为单位报告，表面涂擦则以平方厘米(cm2)报告。