1.合成开始后检查要点
合成开始时，检查第二个核苷酸脱DMT所产生的橘色，保证一切正常。第一个DMT的颜色不能作为提供资料的依据，因为它是载体上装进的第一个核苷的量度。检查合成柱是否渗漏，渗漏原因可能是由于柱子错误或柱子与合成仪上的luer接头未拧紧所致。检查监视器上的详细内容，必要时重新存储所需参数。
2.自动DNA合成仪上试剂的稳定性
无论合成进行到什么程度，试剂管道中的单体每几分钟就需要补充一次，不会出现严重的亚磷酰胺分解。但是如果仪器已经1h以上未运行，在合成开始前必须清洗试剂管路，除去管内分解的试剂。即使在最好的条件下，试剂的寿命也是有限的，因此，要将在合成仪上存放2周以上的试剂弃去;对于合成30个碱基121-_的寡核苷酸，应用的亚磷酰胺和四唑在合成仪上的时间应短于一周。对于合成50mer或更长的寡核苷酸，应该用新鲜的亚磷酰胺、四唑和乙腈。
3.自动DNA合成仪上的试剂更换
在某一合成期间任何一种试剂用完都会导致合成失败，所以在合成前必须检查所有储液瓶内的试剂量。如果实验室内温度降至18~C以下，需要用电吹风温热储液瓶，使某些结晶溶解。如果一个位置配有一个一次性的瓶塞，当新瓶子放到合成仪上时，要检查并更换瓶塞。任何裂开的瓶塞都不能使用，永久性的瓶塞也要检查。另外，要检查试剂瓶口边缘是否有缺口，缺口瓶在合成仪上塞不紧，不能输送试剂。
4.合成中更换试剂瓶
在特定循环上单体缩合、封闭、氧化完成后，等待用乙腈清洗，并中断循环和三个柱。然后按正常方法换瓶，取消所有中断信息，重新开始合成，千万不要让合成中断超过lmin，这样会使偶联率下降或造成合成失败。
以亚磷酰胺寡核苷酸合成为例介绍该类仪器的一般操作步骤。亚磷酰胺DNA合成的试剂有：保护碱基的5/—DMT，A、G、C、T亚磷酰胺单体，四唑偶联催化剂，乙酐，N—甲基咪唑封闭试剂，三氯乙酸(TCA)脱保护溶液，12氧化混合物，乙腈清洗溶剂，氨水切除溶液。使用步骤如下：
1)仔细检查合成仪上所有试剂瓶中的试剂量，必要时换掉试剂瓶，特别注意乙腈的量，因为该溶剂用量较大。
2)将标记好的清洁的收集瓶装在合成仪上。
3)将要合成的DNA序列输入合成仪。
4)检查选择的合成步骤是否正确。
5)选择结束方法：TritylOffAuto是仪器的原始状态，若打算以5，—DMT基团连接纯化寡核苷酸，将其转变为TritylOnAuto结束状态。
6)选择结束方法，一般为系统的原始状态。
7)在每个柱监视器的Username下，输入你所希望的保存名字。
8)以代码代替相应的DNA序列标记每一个收集瓶。
9)打印出每一个柱设置的详细资料。
10)检查打印出来的资料是否正确。
11)运行StartColumn步骤检查每一个柱的位置，确保合成仪上合成柱处于正确的位置。
12)检查连接在合成仪上的溶剂残留(废液瓶)是否充满。
13)如果分部收集器用来收集每个DMT脱保护步骤的流出物，确保试管充分清洁干净，并打开分部收集器，确保DMT废液管路通向分部收集器。
14)启动循环，运行开始程序清洗试剂管路，除去原来的试剂。
注意：TritylOnAuto表示在合成寡核苷酸的5’端核苷酸带有一个DMT，并将其从固相载体上切下来，储存在收集瓶中;TritylOffAuto表示在合成寡核苷酸的5，端核苷酸没有保护基团，将其从固相载体上切下来，储存在收集瓶中;TritylOnManual表示合成寡核苷酸的5’端核苷酸带有一个DMT，寡核苷酸没有从固相载体上切下来，而是保留在合成柱中;TritylOffManual表示在合成寡核苷酸的5，端核苷酸没有保护基团，寡核苷酸没有从固相载体上切下来，而是保留在合成柱中。