阻塞是管路的主要故障,管路完全阻塞，压力会突然升高，超压。部分阻塞开始不明显，不断滞留在液流中的微粒压力会慢慢升高，最后完全阻塞。管路阻塞同时会看到接头或垫圈渗漏，低压好一些，高压渗漏明显。
管路完全或部分阻塞是由下列原因引起的：
①没有很好过滤流动相;
②样品中有微粒;
③泵或进样器垫圈产生碎片;
④预柱、护柱和分析柱中漏出填料;
⑤毛刺和锉屑进入;
⑥流动相中的结晶盐;
⑦微生物
⑧系统中进入了其它颗粒性物质。
系统中管路阻塞的现象很少见，常见的是烧结过滤片(玻璃砂芯)阻塞。用烧结过滤器或过滤片(孔径2-10um)能去掉阻塞管路的微粒(如0.25mm管径)。
用系统分段法检查阻塞的管路，从后向前分别松开接头检查，找到阻塞管路后，应立即拆下来疏导或换新。
如果是非刚性物质阻塞，如生物样品中的生化物质(蛋白质)、微生物等，可用极细的金属丝导通，也可以在火头上烧一烧，使有机物炭化，而后再导通。
如果是刚性物质阻塞，要导通则十分困难，采用反冲的办法有时能成功。就是将管子调头用泵冲洗。操作时要注意保护眼睛和裸露的皮肤，因阻塞物会以很高的速度冲出来。
无法导通的管路要换上同样规格的管子。如果换上新管后又被阻塞，则应该停机检查上面提到的引起阻塞的几种原因。