1、柱压过高
可能是微粒堵塞.柱床膨胀，不可逆吸附，细菌生长等造成的。也有可能是系统反压问题，例如阻尼器堵塞，进样器堵塞，管路或连接口堵塞.在线过滤器不干净，压力传感器不准确等。
2、柱效低
可能是色谱柱被污染、过滤片部分堵塞、色谱柱内的死体积造成，例如流动相pH值或者组成不合适造成固定相损失。流动相急剧变化造成固定相物理损坏，机械振动造成固定相产生裂缝，柱床收缩或干枯。也有可能是仪器连接的问题，认真检查进样器、检测器、管路、保护柱和在线过滤器等是否连接好，也可能是色谱柱没有平衡好，进样量过大等问题。
3、重复性差、不出峰、回收率低可能是色谱柱被污染，流动相pH值或者组成不合适造成固定相损失，样品溶剂不同或样品本身不稳定，固定相极性过强或者流动相极性过弱.或者发生非特异性吸附。也可能梯度实验时平衡时间不足，温度波动，流动相组成改变，样品溶剂不同，样品稳定性不好，方法的开发不好，缓冲液的酸碱度不合适或者缓冲能力不足。