在选择色谱柱之前，先多了解自己的样品和杂质，他们的类型结构、极性、酸碱性、分子量大小等等，
1.样品是极性的且弱酸性的;就可以选择C18在100%酸性水溶液条件下检测，即要选择承受100%纯水且对极性化合物保留很好的色谱柱
2.如果样品极性太强，或酸性太强;可以选择CN，NH2，或硅胶柱，HILIC(亲水色谱)，也有使用C18+强阴离子对试剂或强阴离子交换色谱柱(缺点是离子对试剂平衡时间长，对流动相pH要求比较精密，否则很难重复实验，另外离子对试剂很难洗下来，基本上用了离子对的色谱柱就不能再用于其它实验)
3.若样品是碱性的;可选择高纯硅胶柱(高纯硅胶缺少金属杂质，且硅胶端基封尾)或一些经过修饰的C18柱(如极性嵌入技术或碱去活技术等)，他们都会减少碱性化合物的拖尾，一般会选择中性或偏碱的条件下做，因为这样可增加碱性样品的保留
4.如果碱性化合物的极性太强，或碱性太强;可以选择宽pH的C18色谱柱在高pH值检测(优点是方法开发简单，缺点是目前实现这一技术的色谱柱品牌比较少，价格也高)或者选用HILIC色谱柱(硅胶柱在反相条件下使用，这也是很经典的检测碱性样品的方法)选择强离子交换柱(缺点是不能用来分析其它样品，对流动相pH要求比较精密，否则很难重复实验)也有使用C18+强阴离子对试剂或强阴离子交换色谱柱。