在冻干机的长期运行中，其制冷压缩机必然持续排出大量的热量，而冷阱盘管上所凝华的冰也必然需要大量的热量来融化后排放出；同时，根据需求，很多都具有热媒循环系统和在位蒸汽灭菌功能，而热媒循环系统在必要时需要加热，在位蒸汽灭菌运行中或结束后又需要排出大量的蒸汽。
目前，国内外常用的冻干机有多种，而目前应用更广泛的则是含有制冷系统、融霜系统、热媒循环系统及蒸汽排放系统的冻干机，其制冷系统主要含有制冷压缩机、冷凝器、节流阀、冷阱盘管，融霜系统主要含有融霜阀、冷阱及冷阱排出阀，其热媒循环系统主要含有循环泵、电加热器、制冷换热器、搁板、储液器，蒸汽排放系统主要含有箱体、冷阱、及箱蒸汽排出阀、阱蒸汽排出阀。
热气回收利用节能措施，其制冷系统中压缩机排出的是含有很高热量的高温高压蒸汽，通过冷凝器将热量排掉；热媒循环系统在需要升温或补充热量时，通过电加热器进行加热；蒸汽排放系统在需要排出蒸汽时，打开箱蒸汽排出阀和阱蒸汽排出阀，将蒸汽排放；冷阱需要融霜时，打开融霜系统的融霜阀，向冷阱内放入融霜水或融霜蒸汽，将冷阱盘管上的冰溶解，较后通过冷阱排出阀将冷阱内的水排出冷阱。
而且自动控制先要根据冻干曲线和设备运行时序用PC机编制一个冻干程序或周期，然后选定该周期投入运行，设备便可进行自动控制了。不同厂家生产的设备编程方法是各不相同的，即使同一厂家生产的设备由于配置，不同和产品的不断改进，也不完全相同，因此在使用前用户都需要对其有一定的了解。