一、进样后不出色谱峰的故障：气象色谱仪在进样后检测信号没有变化，仪不出峰，输出仍为直线。遇到这种情况时，应按从样品进样针、进样口到检测器的顺序逐一检查。1、首先检查注射器是否堵塞，如果没有问题，2、再检查进样口和检测器的石墨垫圈是否紧固、不漏气，3、然后检查色谱柱是否有断裂漏气情况。4、最后观察检测器出口是否畅通。
二、基线问题：气相色谱基线波动、飘移都是基线问题，基线问题可使测量误差增大，有时甚至会导致仪器无法正常使用。1、遇到基线问题时应先检查仪器条件是否有改变，近期是否新换气瓶及设备配件。2、如果有更换或条件有改变，则要先检查基线问题是不是由这些改变造成的，一般来说，这种变化往往是产生基线问题的原因。有些人在工作中就遇到过这种情形：新载气纯度不够，换过载气之后，基线逐渐上升(由于载气净化管的原因，基线不是马上变化的)。第二天开机之后，基线非常高，并伴有基线强烈抖动，所有峰都湮没在噪音中，无法检测。经过检查，问题出现在新换的载气上，重新更换载气后，立即恢复了正常。3、当排除了以上可能造成基线问题的原因后，则应当检查进样垫是否老化(应养成定期更换进样垫的好习惯)；4、石英棉是不是该更换了；
三、造成峰丢失的故障第一种情况可通过多次空运行和清洗气路(进样口、检测器等)来解决。1、为了减少对气路的污染，可采用以下的措施：程序升温的最后阶段应有一个高温清洗过程；2、注入进样口的样品应当清洁；3、减少高沸点的油类物质的使用；4、使用尽量高的进样口温度、柱温和检测器温度。