一般的实验室纯水机依据仪器技术指标和应用领域，纯水机的分类方式：
1）常规理化分析型：适用于常规化学分析，定性分析，缓冲溶液配制等；
2）超低TOC型：超低有机物，适用于高效液相色谱，离子色谱，气相色谱，气质联用，总有机碳(TOC)分析，有机物分析，毛细管电泳，微电子部件冲洗，毒理学研究，环保实验分析等；
3）除热源型:除去热源（内毒素），应用于液相/气相色谱、氨基酸分析、蛋白质纯化、电泳/凝胶分析、毒理研究、动植物细胞培养、组织培养、试管婴儿、分子生物学实验等项目；
4）既超低TOC又除热源型:既除有机物又除内毒素，适宜于微生物培养基配置、环境分析实验，物理学电化学及界面研究，各种高精度仪器分析，分子生物学及生命科学，试管婴儿，组织培养，动物及植物细胞培养，氨基酸分析，双向电泳等；
5）基础应用型:适用于高效液相色谱，离子色谱,原子吸收及发射光谱，质谱分析仪，氨基酸分析仪，PCR应用及分析，气相分析仪器，高精密光学镜片冲洗，分析试剂及药品的配置、稀释，精密仪器分析用水等。另外，纯水机根据使用情况分为手动型(也可经济型)、自动型，不同点只是在于纯水机的反冲洗方面，经济型的纯水机使用的是手动反冲洗阀门。同时，纯水机根据使用的特点还分为橱上型和橱下型，作用是一样的,只是外形上的差别。