一.开机程序
1.检查稳压器电源，打开电源，稳定5分钟。
2.打开储液箱，倒掉废液,并在废液桶中加入400ml漂白水原液。打开压力阀，取出鞘液桶，将鞘液桶加至4/5满(一般可用三蒸水，做分选必须用PBS或FACSFlow)，合上压力阀。确实盖紧桶盖，检查所有管路是否妥善安置。
3.将FACSCalibur开关打开，此时仪器功能控制钮的显示应是STANDBY，预热5-10分钟。排出过滤器内的气泡。
4.如果需要打印，打开打印机电源。
5.打开电脑,等待屏幕显示出标准的苹果标志。
6.执行仪器PRIME功能一次，以排除Flowcell中的气泡。
7.分析样品时，先用FACAFlow或PBS进行HIGHRUN约2分钟。
X。做过分选后，每次开机后需冲洗管道：向分选装置上装上两个50ml离心管，不接通浓缩系统，摁下右下角白色按钮开始冲洗。待自动停止后接通浓缩装置，同上法冲洗一次。
二.预设获取模式文件(AcquisitionTemplateFiles)
1.从苹果标志中选择CELLQuest见一个新视窗，可利用此视窗编辑一个获取模式文件。
2.选取屏幕左列绘图工具中的Dotplot，绘出一个或多个DotPlots(点图)。从DotPlot对话框中选取Acquisition作为图形资料来源，并确定适当的x轴和y轴参数。
3.选取屏幕左列绘图工具中的Histogram，同上法可绘出Histogram(直方图)。
4.将此视窗命名后储存于FACStationG3\BDApplications\CELLQuestFolder\EXP文件夹中，下次进行相同实验时可直接调用。
X.本计算机中已设定两个模式文件：ACQ和EXP，储存于FACStationG3\BDApplications\CELLQuest\EXP文件夹中，ACQ用于细胞DNA检测，EXP用于细胞表面标志分析。
三.用CELLQuest进行仪器的设定和调整
1.从苹果画面中选取CELLQuest，进入CELLQuest后在File指令栏中打开合适的获取模式文件。
2.从屏幕上方Acquire指令栏中，选取ConnecttoCytometer(快捷键：+B)进行电脑和仪器的连机。将出现的AcquisitonControl对话框移至合适位置。
3.从Cytometer指令栏中，开启Detectors/Amps、Threshold、Compensation、Status等四个对话框，并将它们移至屏幕右方，以便获取数据时随时调整获取条件。也可以用+1，2，3，4获得此四个对话框。
4.在Detectors/Amps对话框中，先为每个参数选择适当的倍增模式(amplifiermode)：线性模式Lin或对数模式Log。一般进行细胞表面抗原分析如分析外周血的淋巴细胞亚群时，FSC和SSC多以线性模式Lin测量，且DDMParam选择FL2，而FL1,FL2与FL3则以对数模式Log测量;分析细胞DNA含量时，FSC，SSC，FL1，FL2，FL3皆以Lin进行测量，且DDMParam选择FL2;分析血小板表型时，FSC，SSC，FL1，FL2，FL3等均以Log进行测量。
5.放上待检测的样品，将流式细胞仪设定于RUN，流速可在HIGH或LOW上。
6.在AcquisitonControl对话框中，选取Acquire，开始获取细胞。在以下的仪器调整过程中随时选取Pause，Restart以观察调整效果。未完全调整好之前不要去掉SETUP前的“3”。
7.在Detectors/Amps对话框中，调整FSC和SSC探测器中的信号倍增度：PMTvoltages(粗调)与AmpGains(细调)，使样品信号出现在FSC-SSC点图内,且三群细胞合理分布。
8.在Threshold对话框中选择适当的参数设定Threshold，并调整Threshold的高低，以减少噪音信号(细胞碎片)。一般做细胞表型时用FSC-H而做DNA时用FL2-H。Threshold并不影响检测器对信号的获取，但可改善画面质量。
9.从屏幕左列绘图工具中选取Region(区域)，并在靶细胞周围设定区域线，即通常所说的门。圈定合适的细胞群可使仪器调整更为容易。
10.在Detectors/Amps对话框中，调整荧光检测器(FL1,FL2,FL3,FL4等)的倍增程度。根据所用的荧光阴性对照样品调整细胞群，使之分布在正确的区域内。
11.在Compensation对话框中，根据所用的调补偿用标准荧光样品调整双色(或多色)荧光染色所需的荧光补偿。比如应该为FL1+FL2-的细胞群却分布在FL1+FL2+区域内，则需调大FL2-?%FL1中的“?”，并从FL1-FL2点图中观察新的调整是否恰当
12.在Status对话框中可见：LaserPower:正常值—Run/Ready为14.7mW，Standby为5mW;Lasercurrent:正常值为6Amps左右。
13.调整好的仪器设定可在InstrumentSettings对话框中储存，下次进行相同实验时可调出使用，届时只需微调即可。
X.本计算机中已有三个名叫储存于FACStationG3\BDApplications\CELLQuestFolder\IMM-InstrSettings及FACStationG3\BDFiles\InstrumentSettingsFiles\CalibFile和Mast-Cell-Set的参数文件，前二者可用于分析人白细胞，后者用于分析小鼠肥大细胞。
四.通过预设的获取模式文件进行样品分析
1.从苹果标志中选择CELLQUEST，新视窗出现后从File指令栏中选择Open，打开预设的获取模式文件。
2.从屏幕上方Acquire指令栏中，选取ConnecttoCytometer进行电脑和仪器的连机。将出现的AcquisitonControl对话框移至合适位置。
3.从Cytometer指令栏中选取InstrumentSettings，在其对话框中选择Open以调出以前存储的相同实验的仪器设定，按Set确定。
4.在Acquire指令栏中，选择Acquisition&Storage决定储存的细胞数，参数，信号道数。其中Resolution在做细胞表面标志时选择256，做DNA时选择1024。ParameterSaved…则根据不同的检测对象选择不同的参数。
5.在Acquire指令栏中，选择ParameterDescription，以决定文件存储位置(folder)，文件名称(file)，样品代号以及各种参数的标记(panel)，即安排tube1，2，3…的检测参数。一般本仪器获取的数据按照检测对象的不同分别储存于FACStationG3\BDApplications\CELLQuest\IMM和DNA文件夹中。文件根据日期命名。
6.在Cytometer指令栏中，选择Counters，将此对话框移至合适位置，以便于随时观察events计数。
7.将样品试管放至检测区，在AcquireControl对话框中选取Acquire以启动样品分析测定。
8.微调仪器设定，待细胞群分布合适后选择AcquireControl对话框中Pause,Abort,去除Setup前的“3”，开始正式获取信号，存储数据。
9.当一定数目的细胞被测定后，获取会自动停止，并会自动存储数据。重复步骤7，继续分析下一个样品，直到所有的样品数据分析完毕。
X.当所有样品分析分析完毕，即换上三蒸水，并将流式细胞仪置于“STANDBY”状态，以保护激光管。
五.关机程序：
1.从File中选择Quit,退出软件，选择Don’tSave至苹果屏幕。
2.用4ml1：10稀释的漂白水作样品，将样品置于旁位(vacuumison)，以外管吸去约2ml，在将样品架置于中位(vacuumisoff)，再HIGHRUN5分钟(内管吸去2ml)。
3.改用三蒸水4ml作样品,同上处理。
4.按Prime三次。
5.此时仪器自动转为STANDBY状态，换2ml三蒸水。必须在仪器处于“STANDBY”状态10分钟后再依次关掉计算机、打印机、主机、稳压电源，以延长激光管寿命，并确保应用软件的正常运行。
6.填写使用登记表。