使用氢焰离子化检测器应注意以下几点：
①整个系统应加电磁屏蔽，避免外界的电磁干扰。
②若使用氢气作载气，则无需再加入供燃烧使用的氢气。
③所有载气、氢气和空气均应纯净，若有灰尘颗粒则会产生很大的干扰。进入检测器的杂质将会严重地影响测量下限值，
④检测器对大气、水和CO2没有响应。因此特别适合分析大气污染和含水样品。
⑤检测器对氢气的流速很敏感，在实验中应寻找最佳流速.使响应信号最大。
⑥检测器的响应还与收集极和燃烧器喷嘴的几何形状有关。
氢焰离子化检测器不能用于检测O2，N2，CO，CO2，SO2,NH3，H2O，SiCl4以及无机酸等组分。
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