薄层色谱法与其他色谱法相比较具有以下特点：
(1)不需要高级而精密的分析仪器(分析天平除外)，设备和操作简单。
(2)与纸色谱分析法相比，优越于可以使用腐蚀性的显色剂。
(3)可选择的流动相和固定相范围比纸色谱法广泛。
(4)展开快速，且扩散作用小，斑点比纸色谱集中，检出的灵敏度比较高。技术上多样化，不仅有多种展开方式(例如，分步展开、连续展开、双向展开、浓度梯度展开等)，而且可应用不同的物理化学原理(例如，分配吸附、离子交换等)对复杂的混合物进行分离、分析。
(5)适用于分离、分析少量样品(几微克-几十微克)，甚至可少到10^-11g;也适用于样品量大的分离、分析(几毫克-几百毫克)。
(6)与气相色谱法相比，薄层色谱法适用于分离、分析受热不稳定的难以挥发的样品，这点与高效液相色谱法及早期的液相柱色谱法相同。
(7)薄层色谱法和纸色谱法都是手工操作，自动化程度较低、分离效果和重现性都较差，分离复杂混合物有一定的困难。纸色谱只用于分离，然后用比色法定量。薄层色谱法分离后可直接测量斑点面积定量，或用滴定法、比色法定量。
但近20多年以来，薄层色谱法有了新发展，特别是微米um)数量级的极细粒径的吸附薄层板的出现，为提高分离速度(在十几秒内可以分离几个组分)，以及提高灵敏度提供了新方向。另外，双光束薄层扫描仪的出现，在定量分析方面也为薄层色谱法自动化的准确定量提供了发展的可能。
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