奥林匹克运动从80年代开始改革以来，赶上了时代发展的潮流，克服了危及奥林匹克运动生存的经济危机和政治危机。但是奥林匹克运动仍然存在的一些难题，构成了对其本身未来发展的挑战。
（一）对国际奥委会独立性的挑战对国际奥委会独立性的挑战主要来自政治对奥林匹克运动的干预。在不同的历史时期，政治对奥林匹克运动的干预是不同的。在第二次世界大战结束后长达40年的时期内，奥林匹克运动经历了许多政治风暴的考验，其中影响最大的是70至80年代奥运会所面临的一次次大规模的政治抵制。这些政治抵制的根本原因是东西方两大集团之间经济、政治利益的冲突和南非种族主义与非洲国家反种族主义的矛盾。在奥林匹克运动未来的发展中，出现同样大规模抵制的可能性大大减少。这是因为世界的政治格局已经发生了巨大变化，进行大规模抵制的政治动因已大大削弱。但企图左右国际奥委会对其事务独立进行决策的政治势力还存在，国际奥委会为了保持自己的独立性，在承认奥林匹克运动与政治不可分割的同时，坚决反对把奥运会作为某个国家政府的政治工具，对各种政治干扰采取了有效的对策，如1992年联合国安理会通过757号决议，对南斯拉夫进行制裁，要各会员国禁止南运动员进入他国领土参加国际比赛；而国际奥委会并没有简单服从，经过一系列策略外交，使南斯拉夫运动员以个人身份参加了巴塞罗那25届奥运会比赛。此外，使美国国会对北京申办2000年奥运会的非议和干涉，也遭到国际奥委会的公开批评。这些都表现出国际奥委会的独立立场。
（二）三大支柱间矛盾的挑战国际奥委会、国际单项体育组织和国家奥委会是奥林匹克运动发展的基石，三者之间的团结、协作是极为重要的。在1973年恢复自1930年中断的奥林匹克代表大会上，特别讨论了三者团结的重要性。目前三者之间的关系，总的来说是融洽的，但也存在潜在的危险，主要表现在权力和经济利益分配上。
①遴选奥运会主办城市国际奥委会认为，遴选主办城市是国际奥委会的独有权利。但现实情况看，国际单项体育组织负责奥运会的一切技术问题，如比赛规则、运动员及格标准、每个国家参加每个单项的运动员人数等；是否允许职业选手参赛，也属其权限所在。国家和地区奥委会负责派出参加奥运会的运动员，派哪些项目、派多少人数，均由国家和地区奥委会自己决定。基于上述理由，国际单项体育组织和国家奥委会认为，遴选主办城市也与它们密切有关，希望改变今日遴选主办城市由国际奥委会独家投票决定的状况。
②委员制国际奥委会委员是由国际奥委会直接遴选的。根据《奥林匹克宪章》规定，这些委员是"国际奥委会在他们各自国家的代表，而不是他们国家在国际奥委会的代表"。奥林匹克运动一切问题的讨论都是在国际奥委会内部进行，而奥林匹克运动开展的实体国家奥委会，只享有十分微小的决策权。目前国际奥委会共有202个国家和地区奥委会成员，现任国际奥委会委员仅119人，且有些国家占有两名或以上委员。一些国家奥委会对此持有异意，要求改变现行的组织结构，变委员个人制为各国奥委会的代表制，一国一票，使自己在奥林匹克运动发展中拥有更多的发言权。
上述问题由来已久，但随着奥林匹克运动的发展，日益明显突出，有待于国际奥委会、国际单项体育组织和国家奥委会三方面协商解决。
（三）商业化的挑战商业化是使体育运动适应现代社会的一个最有力的因素。利用商业手段寻求发展，已经成为当代奥林匹克运动的一个重要发展趋势。商业化使奥林匹克运动摆脱了经济上进退两难的困境。但商业化也会影响奥运会竞技运动的正常进行，如汉城奥运会的许多比赛本应在下午或晚上进行，但为满足电影广播权最大买主美国电视广播公司的要求，组委会将比赛移到早晨以顺应美国东部电视的黄金时间。这种移动显然会影响运动员水平的正常发挥。国际奥委会为使商业化能按照有利于奥林匹克运动发展的轨道前进，采取若干控制措施：坚持在奥运会比赛场地及其上空不准进行任何形式的广告宣传的原则，使奥运会在世界各种国际体育大赛中，成为唯一没有商业广告的运动会；扩大经济来源，降低电视转播权收入在总收入中的比例，以减少对电视广播公司的依赖；设立奥林匹克团结基金，加强对不发达国家的援助。但如何防止过度商业化，仍是国际奥委会面临的新课题。
（四）职业化的挑战业余原则一度是奥林匹克运动理想的基本原则，被视为奥林匹克运动的基石和生命线。坚持业余的原则，其目的是为了纯洁奥林匹克精神。但是，随着社会和奥林匹克运动发展，仍坚持"业余"的原则已不现实。因为高水平的运动员，只有把主要精力和时间用于训练才能达到体育的高峰。长期训练的花费只有来自国家或企业赞助。同时，固守"业余主义"，会将许多优秀选手排斥在奥运会门外，束缚奥林匹克运动的发展，不利于运动水平的提高。1980年国际奥委会从宪章中取消了"业余"的规定，1988年允许职业网球运动员参加奥运会比赛。运动员参赛资格也由各国际单项体育组织自行决定，这一方面是因为有些国际单项组织对职业选手参赛仍持观望态度，另一方面是为了使奥林匹克精神不受损害，将那些处于经纪人手中，不为国际体育组织所控制的职业选手，如职业拳击运动员排斥在奥运会之外。
（五）滥用兴奋剂的挑战从20世纪60年代以来，在奥林匹克运动中使用与反对使用兴奋剂的斗争始终没有停止过。利用兴奋剂提高运动成绩是一种欺骗行为，是对奥林匹克运动的教育价值和"更快、更高、更强"的激励口号的嘲弄。国际奥委会在禁止使用兴奋剂方面态度十分坚决。国际奥委会对违禁者的处罚也不断加重。但是由于在现代社会中，国际大赛的运动成绩往往与巨大的经济利益和其他利益联系在一起，因而使用兴奋剂的现象不会在短时期内消失，使用兴奋剂的手段会越来越隐蔽，这就会对检测兴奋剂的手段不断提出新的要求，奥林匹克运动中反对兴奋剂的斗争不仅是一场不同体育道德观之间的斗争，也是一场现代科学技术之间的斗争。
（六）超大规模的挑战。二次世界大战前，参加奥运会的人数不多，参加的国家和地区也不到50个。战后，奥运会的参赛运动员、国家和地区的数目急剧增加，1992年巴塞罗那奥运会运动员人数为9364人，国家和地区为172个，2004年雅典奥运会时为202个，此外，还有数量可观的教练员、裁判员、新闻记者、保安人员和服务人员，总数达7万多，再加上几十万甚至上百万的旅游观光者。规模如此之大，势必给举办城市带来沉重的负担。这种规模使得许多国家和地区的城市望而生畏。国际奥委会采取了限制奥运会的人数，提高新项目进入奥运会的标准，削减奥运会比赛项目等措施，控制奥运会的规模继续膨胀。
展望未来，奥林匹克运动在迎来它的一百周年的时候，将进入一个相对平稳的发展阶段。一方面奥运会向职业运动员开放，意味着奥运会将成为世界上第一流的运动员竞技场，集中地表现出人类向自己极限挑战的最高水平，比赛场面也将更加激烈和扣人心弦。另一方面，奥林匹克运动将进一步均衡发展，以奥运会为代表的高水平竞技运动将与大众体育相结合，并促进大众体育的发展。国际奥委会通过成立"大众体育委员会"、赞助国际大众体育科学大会、发起"奥林匹克日"的大众体育活动等措施，使大众体育成为奥林匹克运动的有机组成部分。此外，奥林匹克运动在文化、教育、体育科学研究等方面的活动也日益活跃，奥运会的文化色彩更加丰富，各项文化艺术活动会达到更高的水平，更多的城市包括发展中国家的城市申办奥运会，会使更多的人认识奥林匹克运动的丰富内涵和独到作用，奥林匹克运动将更加具有广泛性。
已经开始的奥林匹克运动改革将继续进行下去，奥林匹克运动将更加充满活力，在不断地迎接挑战和不断地满足社会需要的过程中走向未来，在人类社会的发展中将发挥更加重要的作用。