解剖显微镜在使用过程中由于使用不当，环境对仪器影响和长期使用零件磨损等原因，使仪器性能下降，或发生各种故障。对于故障的判断，应先作全面的分析和检查，决不可凭片面现象就下结论。
解剖显微镜发生故障的主要原因：
设计制造质量欠佳，解剖显微镜是比较精密的仪器，如果设计制造方面考虑不够周密，材料选择不当，加工精度不够高，装、校工作不够细致，在使用过程中就会引起一系列的机件故障，其中尤以温度变化对仪器各个转动轴(竖轴与横轴)的影响特别大，在严寒或酷热的气候中使用时，就会使仪器转动困难。
振动与魔擦的影响，仪器在运输过程中，受长途搬运的振动或在气温变化无常的环境中，各零件、组件的位置难免要发生变动。其中转动轴、转动螺旋，以及调焦滑筒等零件、组件，都容易在不同程度的摩擦中产生损耗，使仪器的正常使用受到一定的影响。
润滑油脂变质，解剖显微镜的转动轴、转动螺旋及导轨中所用的润滑油脂，其质量要求很高，除要求油脂的润滑性和脱水性良好外，还要求有很高的耐温性，特别是用于转动轴中的润滑油，其耐温性与附着性要求极高，杏则在温度过高时油的气化流失，温度过低时油的粘度增加，均能使轴的转动失常。
灰尘潮气影响解剖显微镜在长期使用过程中。经常与周围环境中的灰尘、潮气接触，即使密封性较好的仪器，灰尘也会逐渐地通过缝隙进入仪器内部，与油脂混合起来，使各个运动组件产生不同程度的摩擦、紧涩、生锈、卡死和晃动等故障，此外，潮气附在光学零件上面，不及时擦去，还会使光学零件表面发霉，胶合部分脱胶和镀银面损坏等毛病。
为此，对解剖显微镜必须定期维修，并经常保持仪器内部清洁干燥，这对保持各个零件、组件位置正确和各个关节的灵活，极为重要。