头两次筛选是在细胞水平的，为了选出合适的细胞株，这两步非常关键，如果出问题则后边全都白做了。
第一次筛选是筛选出杂交瘤细胞。在效应B细胞和骨髓瘤细胞融合后，其内含有多种细胞：杂交瘤细胞、骨髓瘤细胞与骨髓瘤细胞融合的细胞、效应B细胞与效应B细胞融合的细胞、未融合的骨髓瘤细胞和效应B细胞，甚至还有多核细胞等。由于杂交瘤细胞继承了双亲细胞的遗传物质，因此它不仅具有效应B淋巴细胞分泌特异性抗体的能力，而且还有骨髓瘤细胞在体外培养条件下大量增殖的本领。通常采用选择培养基筛选，如HAT培养基（H为次黄嘌呤，A为氨基嘌呤，T为胸腺嘧啶核苷）。在此培养基中，只有杂交瘤细胞能继续繁殖。
第二次筛选是筛选出能分泌所需抗体的杂交瘤细胞。融合后的细胞经选择培养基培养后，能存活的细胞就是杂交瘤细胞。但这些杂交瘤细胞并非都是能分泌所需抗体的细胞，通常用“有限稀释法”来选择。需要先在多孔培养皿上培养，在每个孔只有一个杂交瘤细胞的情况下开始培养，然后再筛选出能产生特异性抗体的细胞群。由于该细胞群是由单个杂交瘤细胞克隆来的，所以产生的抗体一定是化学性质单一、特异性强的单克隆抗体。
之后是对抗体的鉴定，这些基本上就是常见的免疫学抗体鉴定方法。
1.ELISA用于可溶性抗原(蛋白质)、细胞和病毒等McAb的检测。
2.RIA用于可溶性抗原、细胞McAb的检测。
3.FACS(荧光激活细胞分类仪)用于检查细胞表面抗原的McAb检测。
4.IFA用于细胞和病毒McAb的检测。