传统的菌落计数器使用时，是将计数笔连接到主机上，打开电源开关，将培养皿放在白光板上，打开白光灯，用计数笔触动计数，LED显示屏显示所计数量;计数完成可用计数笔在稿纸上暂记总数，重新开关电源，LED显示屏自动归零，二次计数与稿纸上一次总数比较，数量相同可得较准确的结果。同时，按照细菌计数检验规程规定，一只培养皿中细菌生长数超过300个时，应将检验样品稀释重作，以保证计数的准确性，所以，一般的菌落计数器仪器显示计为三位数。传统的菌落计数方法费时费力并且错误率较大，是一种全人工操作的方法。现在随着科技的进步，菌落计数技术日趋完善。主要体现在配置越来越高，功能越来越全。计数的速度越来越快，准确性也越来越精准。具体体现在下面几个方面：1、成像方面，传统的手动菌落计数器，使用的是放大镜，一般可放大1.7倍到3倍。现在使用的菌落计数器已经具有了图片拍摄功能，而且CCD的规格越来越高，现在市场上销售的仪器所配置的CCD规格是300万到1000万像素不等，分辨率也从原来的0.08mm增强到了现在的0.01mm，图像清晰度大大提高。另外应基层微生物实验室的使用需求，还增加了图像特性获取功能。2、图像处理功能，具有图像调节，图像增强，图像滤波，边缘检测，形态学运算等，这些都是传统的菌落计数器所没有的。3、在统计功能方面，不再局限于传统的数量统计。现在市场上出现的全自动菌落计数器，已经增加了一些智能识别技术，可全皿菌落统计，区域选择统计，鼠标点击统计，排污区域计数，直径分类统计，颜色识别统计等。更先进的全自动菌落计数器还带有自动杂质剔除，菌落粘连分割大肠杆菌技术等等。4、测量功能和抑菌圈自动测量方面也是原来的菌落计数器所没有，更有先进的仪器已经具有了药敏分析功能。不过，这种菌落计数器多用在微生物实验室等数据要求较高的领域，价格也不便宜，市场价多在8，9万左右。5、在数据库的处理方面，较传统的菌落计数器，增加了数据存储，智能查询，数据导出等，有的还可以设置操作者使用权限，数据修改权限设置等，使测量的数据更加安全。同时，还可以在线编辑，报表打印。总之，随着科学技术的发展，菌落计数器也在不断的改进。需求者可以根据自己的计数侧重点进行选购.
半自动菌落计数器
半自动菌落计数器，是一种数字显示半自动细菌检验仪器。由计数器、探笔、计数池等部门组成，计数器采用CMOS集成电路精心设计，LED数码管显示，配合专用探笔，计数灵敏准确。黑色纵深背景式计数池内，采用节能环形荧光侧射照明，菌落对比清楚。应用领域：菌落计数器广泛用于食品、卫生用品、临床标本中细菌数的检验。是各级卫生防疫站、环境检测站、食品卫生监督检查所、医院、及大专院校、科研单位实验室、化妆品检验和药品的品质和质量检测等等，适用于对微生物的菌落计数和计算、抗生素的抗菌性测试和菌种筛选等，是现代微生物检测实验室先进和高效的菌落计数器。
现代化全自动菌落计数器
全自动菌落计数仪是针对微生物菌落分析和微颗粒粒度检测开发的高新技术产品，利用其强大软件图像处理功能和科学的数学分析方法对微生物菌落分析和微颗粒粒度检测，计数准确，统计速度快。该菌落计数仪适合医院、科研院所、卫生防疫站、疾病控制中心、检验检疫、质量技术监督、环境检测机构以及制药、食品饮料、医疗卫生用品行业等的微生物检测。技术特点ZR-1100
·自带仪器标定，以及多种图形标注、测量功能。·单色菌落识别、多种颜色菌落同时自动识别等检测方式。·自动粘连分割、手动分割，计数回退功能，计数结果准确快速。·强大的软件图像处理。·高分辨率彩色CCD。·选择区域统计，高效快速，瞬间输出菌落直径、圆度、周长、面积、数目等数据。·数据保存、查询功能。·报表数据可直接导出EXCEL格式数据，或直接打印。·标配图像处理PC机一台