毛细管电泳根据分离模式不同可以归结出多种不同类型的毛细管电泳，见表1。毛细管电泳的多种分离模式，给样品分离提供了不同的选择机会，这对复杂样品的分离分析是非常重要的。
表1毛细管电泳类型
类型
缩写
说明
1单根毛细管
毛细管区带电泳
CZE
毛细管和电极槽灌有相同的缓冲液
毛细管等速电泳
CITP
使用两种不同的CZE缓冲液
毛细管等电聚焦
CIEF
管内装pH梯度介质，相当于pH梯度CZE
胶束电动毛细管色谱
MECC
在CZE缓冲液中加入一种或多种胶束
微乳液毛细管电动色谱
MEEKC
在CZE缓冲液加入水包油乳液高分子离子交换
毛细管电动色谱
PICEC
在CZE缓冲液中加入可微观分相的高分子离子
开管毛细管电色谱
OTCEC
使用固定相涂层毛细管，分正、反相于离子交换
亲和毛细管电泳
ACE
在CZE缓冲液或管内加入亲和作用试剂
非胶毛细管电泳
NGCE
在CZE缓冲液中加入高分子构成筛分网络
2单根填充管
毛细管凝胶电泳
CGE
管内填充凝胶介质，用CZE缓冲液
聚丙烯酰胺
毛细管凝胶电泳
PA-
CGE
管内填充聚丙烯酰胺凝胶
琼脂糖毛细管凝胶电泳
Agar-
CGE
管内填充琼脂糖凝胶
填充毛细管电色谱
PCCEC
毛细管内填充色谱填料，
分正、反相于离子交换等
3
阵列毛细管电泳
CAE
利用一根以上的毛细管进行CE操作
4
芯片式毛细管电泳
CCE
利用刻制在载玻片上的毛细通道进行电泳
5联用
毛细管电泳/质谱
CE/MS
常用电喷雾接口，需挥发性缓冲液
毛细管电泳/核磁共振
CE/NMR
需采用停顿式扫描样品峰的测定方法
毛细管电泳/激光诱导荧光
CE/LIF
具单细胞、单分子分析潜力
2.操作方式
毛细管电泳仪
毛细管电泳可以按操作方式重新分为手动、半自动及全自动型毛细管电泳。
3.分离通道形状
按分离通道形状分为圆形、扁形、方形毛细管电泳等。
4.缓冲液的介质
根据配制缓冲液的介质的不同，可以把CE分为水相毛细管电泳和非水毛细管电泳（NACE）。NACE是以有机溶剂作介质的电泳缓冲液代替以水为介质的缓冲溶液，增加了疏水性物质的溶解度，特别适用于在水溶液中难溶而不能用CE分离的物质或在水溶液中性质相似难以分离的同系物，拓宽了CE的分析领域。