GC-MS主要用于鉴定一些能气化的物质，例如：各种果蔬的挥发性物质；而LC-MS则主要用于鉴定一些不能气化的物质，如：某些大分子蛋白，激素等。不过价格上前者比后者至少便宜50-100W吧。