有机酸是食品中重要的风味物质，它可以表征产品的质量，指示储存食品是否变质。抑制电导检测器对有机酸的灵敏度较高，比LowUV检测器约高10倍，因此食品中痕量的有机酸检测最好使用离子色谱法。通常可用相同的方法分析食品中的无机离子和有机酸。
果汁中的有机酸
果汁中有机酸谱图对于确定果汁的新鲜程度与是否掺假都是非常重要的，通常需要测定某些有机酸的比例，因为它是某些果汁的重要特征
蔓越橘与番茄汁中的有机酸
奎宁酸是蔓越橘果汁的重要标志，且成为其是否纯正的衡量标准。用离子排斥色谱法与抑制型电导检测器对其分离与检测是测定奎宁酸以及其它主要有机酸的一种快速方法。另外，不仅是蔓越橘，其它果汁也具有能反应其纯度的有机酸图谱。
桔汁、葡萄汁、苹果汁中的有机酸
桔子汁、葡萄汁和苹果汁中的有机酸可以同无机阴离子一同检出。另外淋洗液中加入甲醇对于某些有机酸的分离有所改善。
英国黑啤酒中的有机酸与阴离子
有机酸与无机阴离子是啤酒中的重要风味物质，阴离子还影响啤酒外观。啤酒中有机酸与无机阴离子的高分辨解析可在18分钟内获得。
食用色素
合成的食用色素广泛应用于食品与饮料中。食用色素可分为四类：偶氮化合物(1-，2-，3-)、吲哚、三苯甲烷与次甲基色素。这些色素大部分呈碱性或阴离子形态，并且含有磺酸基、羧基或苯酚基团。这些强离子化合物用传统的反相HPLC不易分离，通常要使用离子对试剂。如使用多维柱则可得到更好的分离效果且不必用离子对试剂。