除了一般公认的设备简单，使用方便，应用广泛，价格相对较低以外，薄层色谱最大的优点是能同时处理许多种样品，比如在一块20x20厘米的簿层极上.一次可以同时分析20个以上的样品，而一般说来，气相色谱和液相色谱一次都只能分拆一个样品。因此，形层色谱被广泛地用作样品的筛选。
为同样得到一张探索性的谱图，薄层色谱所用的溶剂一般要比液相色谱少一些。薄层色谱的移动相(包括极性及混合物类型)和固定相都很容易改变，展开时间也不长，因此它很适用于在方法研究中使用，或用来为液相住色销选择最佳条件。
和液相柱色谱一样，薄层色谱分离可以用吸附、分配、离子交换等不同方式完成，但比起液相色谱来它所受的限制较少，唯一的要求是介质能以合适的形式涂在载板上。另外，薄层色谱在检测上也有独到之处。
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