电子显微镜发射源是电子束或离子束，普通光学显微镜使用的是光源发射出来的光或镭射。
普通光学显微镜使用的是特殊玻璃制的透镜，利用光学原理改变光的行进；而电子显微镜使用的是磁透镜，利用磁场改变电子束。
普通光学显微镜的最大倍数一般在1000～2000倍，解析度一般在0.1um~0.25um左右；而电子显微镜的解析度一般都在0.01nm~0.4nm左右。
普通光学显微镜可在一般大气压下使用；而电子显微镜一般都需在样品室处于真空时使用。
普通光学显微镜受到光学的限制仅能用于观测鉴定被测物体；而扫描电子显微镜可配合其他仪器，如能谱、波谱等仪器使仪器等等讲起应用到很多领域。
总结如下：
发射源不同；透镜不同；放大倍数和解析度不同；使用环境不同；应用的领域不同。