1.按分离模式划分：
毛细管电泳根据分离模式不同可以归结出多种不同类型的毛细管电泳，见表1。毛细管电泳的多种分离模式，给样品分离提供了不同的选择机会，这对复杂样品的分离分析是非常重要的。
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2.按操作方式划分：
毛细管电泳可以按操作方式重新分为手动、半自动及全自动型毛细管电泳。
3.按分离通道形状划分：
按分离通道形状分为圆形、扁形、方形毛细管电泳等。
4.按缓冲液的介质划分;
根据配制缓冲液的介质的不同，可以把CE分为水相毛细管电泳和非水毛细管电泳(NACE)。NACE是以有机溶剂作介质的电泳缓冲液代替以水为介质的缓冲溶液，增加了疏水性物质的溶解度，特别适用于在水溶液中难溶而不能用CE分离的物质或在水溶液中性质相似难以分离的同系物，拓宽了CE的分析领域。